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不均一系超分子における分子認識機構を解明するNMR戦略の開発

开发核磁共振策略来阐明异质超分子中的分子识别机制

基本信息

批准号：
17053005
负责人：
大澤匡範
金额：
$ 2.18万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17053005/
关键词：
超分子 NMR 不均一系構造生物学相互作用解析

项目摘要

本研究では、コラーゲン繊維など巨大かつ不均一な相互作用系における分子間相互作用を立体構造の観点から解明するNMR戦略の開発を目的とする。実施例として、不溶性超分子であるコラーゲンと、コラーゲン認識蛋白質ディスコイディンドメイン(DDR)受容体DSドメインの相互作用系、およびビーズに固定化したカリウムチャネルGIRKの細胞内ドメインとスペルミンの相互作用系を取り上げた。(1)NMRにより、DSドメインの立体構造を決定した(βシート領域の主鎖原子r.m.s.d.は0.49Å)。また、転移交差飽和法によりDSドメイン上のコラーゲン結合部位を同定した。しかし、コラーゲン存在下のNMRスペクトルは分解能が低下しており、試料の高速回転による高感度化・高分解能化が必要であることが分かった。(投稿準備中)(2)NTA-シリカビーズに固定化したGIRKを懸濁したスペルミン溶液のNMRスペクトルを測定した。MAS回転数2-9kHzにおいて安定した回転が得られ、スペルミンのNMRシグナルが高分解能で観測された。(3)Zn-NTAビーズに固定化したGIRK細胞内ドメインとスペルミンとのNOE生成速度は、固定化していない場合に比べ3倍程度亢進しており、このことはレジンに固定化することにより見かけの高分子量化(超分子化)に成功したことを示している。(4)(3)の検討から、GIRKビーズースペルミンの間の転移NOEシグナルにMAS回転数の変化の影響を受けるものと受けないものがあることを見出した。現在、新たな相互作用解析法への展開を目指し、詳細にその影響の原因を究明している。また、コラーゲンとDSドメインのMAS条件下での転移交差飽和法へ発展させる予定である。

The purpose of this study is to investigate the molecular interaction between molecules in heterogeneous interaction systems and to elucidate the spatial structure of NMR. Examples of insoluble supramolecules are: recognition of protein; recognition of protein; recognition of interaction system of receptor DS; immobilization; recognition of intracellular interaction system of GIRK; recognition of protein; recognition of intracellular interaction system of receptor DS; recognition of intracellular interaction system of receptor DDR. (1)NMR, DS, and the stereostructure of the molecule are determined (β-domain primary locking atom r.m.s.d.= 0.49). The combination of DS and DS is determined by the method of cross saturation. In the presence of NMR, the decomposition energy of the sample is low, and the high sensitivity and high decomposition energy of the sample are necessary. (In preparation for submission)(2)NTA-1 Immobilization of GIRK Suspension of GIRK Solution and NMR Detection of GIRK Solution MAS return frequency 2-9kHz, stable return frequency, high resolution energy measurement (3) Immobilization of Zn-NTA in GIRK cells resulted in a 3-fold increase in NOE production rate compared with immobilization. (4)(3) The influence of MAS regression number on the change of GIRK index, GIRK index, GIRK index Now, the new interaction analysis method is developed to indicate and explain the reasons for its influence in detail. A new method for the development of the cross saturation method under MAS conditions

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Conformational Dynamics of Complementarity-determining Region H3 of an Anti-dansyl Fv Fragment in the Presence of its Hapten.

存在半抗原时抗丹磺酰 Fv 片段的互补决定区 H3 的构象动力学。

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
J.Mol.Biol. 351
影响因子：
0
作者：
Kato;D;Nakagawa M;Y.Yamaguchi et al.;H.Sasakawa et al.;S.Tashiro et al.;M.Kawasaki et al.;M.Nakasako et al.
通讯作者：
M.Nakasako et al.

Bead-linked proteoliposomes : a reconstitution method for NMR analyses of membrane protein-ligand interactions

珠联蛋白脂质体：膜蛋白-配体相互作用的核磁共振分析的重构方法

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
J.Am.Chem.Soc. 127・34
影响因子：
0
作者：
Aravin;A.(7名);Kuramochi-Miyagawa;S.;Nakano;T.(6);Tuschl,T;Addy C.;Takeuchi K.;Yokogawa M
通讯作者：
Yokogawa M

Mg2+ and Ca2+ differentially regulate DNA binding and dimerization of DREAM

DOI：
10.1074/jbc.m500338200
发表时间：
2005-05-06
期刊：
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
影响因子：
4.8
作者：
Osawa, M;Dace, A;Ames, JB
通讯作者：
Ames, JB

An NMR method for the determination of protein-binding interfaces using dioxygen-induced spin-lattice relaxation enhancement.

一种使用分子氧诱导的自旋晶格弛豫增强来确定蛋白质结合界面的 NMR 方法。

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
J.Biol.Chem. 280・43
影响因子：
0
作者：
Aravin;A.(7名);Kuramochi-Miyagawa;S.;Nakano;T.(6);Tuschl,T;Addy C.;Takeuchi K.;Yokogawa M;Nakasako M;Ueda T
通讯作者：
Ueda T

Rapid preparation of stable isotope labeled peptides that bind to target proteins by a phage library system