不均一系超分子における分子認識機構を解明するNMR戦略の開発

开发核磁共振策略来阐明异质超分子中的分子识别机制

基本信息

  • 批准号:
    18054006
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 4.22万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2006
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2006 至 2007
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

1、ディスコイディンドメイン受容体2 DSドメインの繊維状コラーゲン認識様式の解明NMRによりディスコイディンドメイン受容体2(DDR2)-DSドメインの立体構造を明らかにした。さらに、不溶性超分子である繊維状コラーゲンとの相互作用に当研究室で開発した転移交差飽和(TCS)法を適用し、DSドメイン上のコラーゲン結合部位を同定した。コラーゲン結合部位は、DSドメインのループ領域において、荷電性残基と疎水性残基から構成される溝を形成していることが明らかとなり、これまで構造生物学的解析が困難であった繊維状コラーゲン認識の特異性に関する分子基盤が得られた。2、脂質二重膜中の膜蛋白質複合体における分子間相互作用解析法の確立膜蛋白質は、従来、界面活性剤で可溶化して構造生物学的解析が行われてきたが、界面活性剤による可溶化はしばしば膜蛋白質の失活につながる。そこで、我々の研究室では膜蛋白質をアフィニティービーズに固定化した状態で脂質二重膜中に再構成するBead-linked proteoliposome(BPL)を開発した。しかし、BPLを用いたNMRによる分子間相互作用解析には固体の共存によるスペクトルの低感度化・低分解能化が問題となっていた。そこで、今回、マジック角回転によるスペクトルの高分解能化を試みた。まず、ユビキチン(Ub)と結合する酵母Ub水酸化酵素(YUH)の相互作用系において、YUHをヒスチジンタグを介してZn-NTAシリカビーズに固定化し、不均一系超分子を模倣した系を作成した。マジック角回転条件下で転移交差飽和法の測定を試みたところ、従来法では解析が困難であった固体と液体が共存した超分子系において、Ub上のYUH結合界面残基の同定に成功した。本手法は、膜蛋白質複合体における分子間相互作用解析に適用可能であり、今後の展開が期待できる。
1. The three-dimensional structure of the receptor 2 DS DS In addition, insoluble supramolecular interactions between the two molecules were studied by the open transition saturation (TCS) method, and the binding sites of the two molecules were determined. The binding sites, domains, electrically charged residues, and aqueous residues form trenches that are difficult to analyze in structural biology. 2. Determination of membrane protein complex in lipid double membrane by molecular interaction analysis. Solubility of membrane protein and interfacial active agent. Analysis of structural biology. In our laboratory, Bead-linked proteoliposome(BPL) has been developed for membrane protein immobilization and lipid membrane recombination. The molecular interaction analysis of BPL by NMR is a problem of low sensitivity and low decomposition energy in solid state. This is the first time that I have ever been able to do this. The interaction system of yeast Ub hydration enzyme (YUH) with Ub binding enzyme was established by immobilization and heterogeneous supramolecular mimicry. The determination of YUH binding residues in solid and liquid systems was successfully carried out under the condition of angular displacement. This method is applicable to the analysis of molecular interactions between membrane protein complexes, and is expected to be developed in the future.

项目成果

期刊论文数量(19)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
HR-MASを用いた生体超分子における分子認識機構を解明する新規NMR手法の開発
开发一种新的 NMR 方法,利用 HR-MAS 阐明生物超分子的分子识别机制
  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Y.Hattori;Y.Maitani;Sakakura M;豊永 翔;小澤新一郎;豊永翔;小澤新一郎;Osawa M. et.al.;Yokogawa M. et.al.;Osawa M.;Yokogawa M.;豊永 翔
  • 通讯作者:
    豊永 翔
Mechanism of mRNA deadenylation: evidence for a molecular interplay between translation termination factor eRF3 and mRNA deadenylases
  • DOI:
    10.1101/gad.1597707
  • 发表时间:
    2007-12-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    10.5
  • 作者:
    Funakoshi, Yuji;Doi, Yusuke;Hoshino, Shin-ichi
  • 通讯作者:
    Hoshino, Shin-ichi
Nickel binding to NikA: an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Tateishi;Y.;Ariyoshi;H.;Igarashi;R.;Hara;H.;Mizuguchi;K.;Seto;A.;Nakai;A.;Kolcubo;T.;Tochio;H. and Shirakawa;M;杉田有治;Masayuki Oda;H. Takahashi;Shingo Nakada
  • 通讯作者:
    Shingo Nakada
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2007
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Aravin;A.(7名);Kuramochi-Miyagawa;S.;Nakano;T.(6);Tuschl,T;Addy C.;Takeuchi K.
  • 通讯作者:
    Takeuchi K.
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