ヒトゲノム配列解析によるRNAスプライシングとRNA代謝機構の研究

通过人类基因组序列分析研究RNA剪接和RNA代谢机制

• 批准号: 18016011
• 负责人: 大野 欽司
• 金额: $ 4.93万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18016011/
• 关键词: スプライシング異常遺伝子変異; Pre-mRNAスプライシング機構

ヒトにおけるbranch pointコンセンサス配列を実験結果に基づいて決定を行うためにヒト20種類のhouse keeping genesの52のintronsを対象に367個のlariat clonesを解析した。367個のclonesのうちbranch pointにmisincorporated nucloeitdesを認めたものは181 clonesで、これらを用いて解析を行った。残りの186個のクローンはlariat RT-PCRにおいてbranch pointがスキップをした可能性を強く示唆するデータを得たため、解析には用いることができなかった。Branch pointsの塩基は、92.3%A,3.3%C,1.7%G,2.8%Uであった。解析の結果、ヒトのbranch pointコンセンサス配列はyUnAyであることが判明した。Branch pointsの83%は-34位から-21位に存在した。Polypyrimidine tractはbranch pointの下流4から24塩基に存在した。ヒトのbranch pointコンセンサス配列は、予想されるよりもdegenerativeであり、branch pointは他のsplicing cis-element(s)と同時に認識をされている可能性が強く示唆された。本プロジェクトの最終目的は、ヒトbranch pointを予測するロジックを構築することであった。しかし、branch point sequenceのdegeneracyが予想以上に高くアルゴリズムの構築は困難であった。

ヒ ト に お け る branch point コ ン セ ン サ ス match column を be 験 results に づ い て decided to line を う た め に ヒ ト 20 kinds の house keeping genes の 52 の introns を like に seaborne 367 の lariat clones を parsing し た. 367 の clones の う ち branch point に misincorporated nucloeitdes を recognize め た も の は 181 clones で, こ れ ら を with い analytical line を っ て た. Residual り の 186 の ク ロ ー ン は lariat rt-pcr に お い て branch point が ス キ ッ プ を し た strong possibility を く in stopping す る デ ー タ を have た た め, parse に は with い る こ と が で き な か っ た. Branch points <s:1> base であった, 92.3%A,3.3%C,1.7%G,2.8%Uであった. Analyze the <s:1> result, ヒト <s:1> branch pointコ セ セ セ サス サス coordinate とが yUnAyである とが とが とが determine the た. Branch points: 83% た -34 ら ら-21 に have た. Polypyrimidine tract に branch point downstream 4 に ら24 base に there is た た. ヒ ト の branch point コ ン セ ン サ ス column は, to want to さ れ る よ り も degenerative で あ り, branch point は he の splicing cis - element (s) と に know を さ れ て い る strong possibility が く in stopping さ れ た. The objective of this プロジェ, ト, ト, ト ト, を is to pretest するロジッ, を, を and construct する, する, とであった. し か し, branch point sequence の degeneracy が to think above high に く ア ル ゴ リ ズ ム の build は difficult で あ っ た.

项目成果

Human branch point consensus sequence is yUnAy.

• DOI: 10.1093/nar/gkn073
• 发表时间: 2008-04
• 期刊: Nucleic acids research
• 影响因子: 14.9
• 作者: Gao K;Masuda A;Matsuura T;Ohno K
• 通讯作者: Ohno K

In vitro and in silico analysis reveals an efficient algorithm to predict the splicing consequences of mutations at the 5' splice sites.

• DOI: 10.1093/nar/gkm647
• 发表时间: 2007
• 期刊: Nucleic acids research
• 影响因子: 14.9
• 作者: Sahashi K;Masuda A;Matsuura T;Shinmi J;Zhang Z;Takeshima Y;Matsuo M;Sobue G;Ohno K
• 通讯作者: Ohno K

Thermodynamic instability of siRNA duplex is a prerequisite for dependable prediction of siRNA activities.

• DOI: 10.1093/nar/gkm699
• 发表时间: 2007
• 期刊: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
• 影响因子: 14.9
• 作者: Ichihara, Masatoshi;Murakumo, Yoshiki;Masuda, Akio;Matsuura, Toru;Asai, Naoya;Jijiwa, Mayumi;Ishida, Maki;Shinmi, Jun;Yatsuya, Hiroshi;Qiao, Shanlou;Takahashi, Masahide;Ohno, Kinji
• 通讯作者: Ohno, Kinji

Unstable siRNA duplex is a prerequisite for accurate prediction of siRNA efficiency-Proposal of a new parameter based on the linear regression model

不稳定的siRNA双链体是准确预测siRNA效率的先决条件——基于线性回归模型的新参数的提出

• 发表时间: 2007
• 作者: Ohno K;Ichihara M
• 通讯作者: Ichihara M