ヒトゲノム配列解析によるRNAスプライシングとRNA代謝機構の研究

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ヒトにおけるbranch pointコンセンサス配列を実験結果に基づいて決定を行うためにヒト20種類のhouse keeping genesの52のintronsを対象に367個のlariat clonesを解析した。367個のclonesのうちbranch pointにmisincorporated nucloeitdesを認めたものは181 clonesで、これらを用いて解析を行った。残りの186個のクローンはlariat RT-PCRにおいてbranch pointがスキップをした可能性を強く示唆するデータを得たため、解析には用いることができなかった。Branch pointsの塩基は、92.3%A,3.3%C,1.7%G,2.8%Uであった。解析の結果、ヒトのbranch pointコンセンサス配列はyUnAyであることが判明した。Branch pointsの83%は-34位から-21位に存在した。Polypyrimidine tractはbranch pointの下流4から24塩基に存在した。ヒトのbranch pointコンセンサス配列は、予想されるよりもdegenerativeであり、branch pointは他のsplicing cis-element(s)と同時に認識をされている可能性が強く示唆された。本プロジェクトの最終目的は、ヒトbranch pointを予測するロジックを構築することであった。しかし、branch point sequenceのdegeneracyが予想以上に高くアルゴリズムの構築は困難であった。