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mRNAの1次塩基配列と2次構造予測に基づくsiRNA設計アルゴリズムの開発研究

基于mRNA一级碱基序列和二级结构预测的siRNA设计算法研发

基本信息

批准号：
18651098
负责人：
大野欽司
金额：
$ 2.3万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18651098/
关键词：
siRNA prediction mRNA secondary structure least square linear fitting

项目摘要

本研究では、標的mRNAの1次元塩基配列情報と2次構造解析結果を組み合わせ、より高い確度で予測可能なsiRNAの設計アルゴリズムを構築することである。Hueskenらに報告された2431個のsiRNAの結果に、least square linear fittingを行いより簡便で効果的な予測法を構築しi-Scoreとした。また他の報告より得られた419個のsiRNAの結果に当てはめi-ScoreとHueskenらのBiopredsiがほぼ同程度の予測法であることを実証した。次にReynolds, Ui-Tei, Amarzguioui, Katoh, Hsieh, Takasakiらの予測法とも厳密に比較し、i-Scoreの優れた予測効率を明らかにした。さらに2次構造を加味して、より正確な予測を試みる過程で、siRNA2本鎖間の結合性を示すwhole dGの値を検討し、相関係数を0.7以上に向上させることが可能であることを見いだした。さらに、我々の開発したSELL/pDualの検証系を用いてこれらを実証した。こうした結果は現在投稿準備中である。次にこれらの検証の過程で観察された、標的配列としてSELLを用いた場合と、cDNAの場合における効果の違いがどの様な要因に起因するかを検討した。標的ベクターに挿入する配列に含まれる5個のAおよびTストレッチにより形成されるループ構造が効果的なsiRNA効果に寄与していると推測し、その欠失体を形成し検討し予想にほぼ一致した結果が得られた。また合成型siRNAの濃度を変化させて抑制効果を検討した結果、pDualにより生成されるsiRNAは、通常合成型を導入する場合の約1/10程度の濃度に該当することが示された。この結果はより低濃度のsiRNAは2次構造影響を強く受けることが示唆された。

In this study, the mRNA 1-dimensional data base of this study was analyzed twice. The results show that the results show that the combination of data sets and the high accuracy of the data sets can be used to determine the performance of the siRNA system. There are 2431 siRNA results in the Huesken report report, and the results of the least square linear fitting reports are measured by the i-Score results. He reported that he had obtained 419 siRNA results. The results showed that the same degree of testing was performed when the i-Score Huesken Biopredsi was tested. The second Reynolds, Ui-Tei, Amarzguioui, Katoh, Hsieh, Takasaki are used to determine the accuracy of the test. The accuracy of the test is higher than that of the i-Score. It is necessary to make the flavor test twice, and the test results are correct. The combination of the siRNA2 text shows that the whole dG flavor is valid, and it is possible to make an up-to-date test. We do not want to use the SELL/pDual information system to ensure that you do not receive any information. The results of the review review are now under preparation for submission. In the second half of the year, the following information is required to monitor the process, the allocation of the SELL, the combination of the SELL and the cDNA, the results show that the cause is due to the cause. The distribution of the information system contains the following information: the results show that the results are consistent with each other. The results show that the siRNA results are consistent with each other. The synthesis of siRNA has a significant effect on the suppression of the results, the generation of siRNA in pDual, and the usual synthesis of about 1 of 10 degrees of temperature when the temperature is displayed. The results showed that the imaging results showed that the low-grade siRNA images were strongly instigated by low-intensity imaging.