環境ゲノムからのバイオナノマグネタイト合成遺伝子群の探索
从环境基因组中寻找生物纳米磁铁矿合成基因
基本信息
- 批准号:18018013
- 负责人:
- 金额:$ 4.93万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:2006
- 资助国家:日本
- 起止时间:2006 至 2007
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
環境中に存在する細胞数の少ない磁性細菌からもゲノム情報を獲得することを目的として、全ゲノム情報の明らかにされている磁性細菌Magnetospirillum magneticum AMB-1 株を用いて、MDAによるゲノム増幅の検討を行った。フローサイトメトリーによって細胞数を正確に分取したサンプルについてMDAを行った。得られたMDA産物に対する増幅について、qRT-PCRを用いた各遺伝子のコピー数から定量的に評価を行ったところ、ゲノムワイドに分布する8個の遺伝子(mms6,mms7,mms13,mms24, mamJ,argK,mpsA,magA)のコピー数の相対比から、各遺伝子が均一にMDAによって増幅されていることがわかった。そこで、多様な細菌が観察された環境サンプルを使用してMDAを行い、増幅産物のshearingによる断片化処理後、BACベクターにクローニングを行った。得られたライブラリーの平均インサートサイズは、約7.5 kbであった。次に、バイオナノマグネタイト合成に関与する遺伝子群の探索を行った。その結果、結晶形成に関与するタンパク質をコードする遺伝子mms6と相同性を持つ新規遺伝子が同定され、Mms6のN末端領域に相当する遺伝子配列において塩基置換が確認された。一方で、C末端領域には塩基置換は見られず、本領域の高い保存性が確認された。同様に、mms7に相同性を持つ遺伝子も得られた。さらに、16S rDNAに基づいた分子系統解析を行ったところ、顕微鏡観察結果と一致するMagnetospirillum属、及びMagnetococcus属の細菌が同定された他、新規と考えられる磁性細菌の存在が確認された。また、Magnetococcus属は大きく4つのクラスターに分類されることが新たに明らかにされた。
Environment exist に す る cells was less の な い magnetic bacteria か ら も ゲ ノ ム intelligence を get す る こ と を purpose と し て, whole ゲ ノ ム intelligence の Ming ら か に さ れ て い る magnetic bacteria Magnetospirillum magneticum AMB - 1 strain を with い て, MDA に よ る ゲ ノ ム rights of の 検 line for を っ た. フ ロ ー サ イ ト メ ト リ ー に よ っ て cell number を に right divide し た サ ン プ ル に つ い て line MDA を っ た. Product must ら れ た MDA に す seaborne る rights of に つ い て, qRT - PCR を い た each legacy 伝 son の コ ピ ー number か ら に of quantitative evaluation of 価 を line っ た と こ ろ, ゲ ノ ム ワ イ ド に distribution す る eight の heritage 伝 child (mms6 mms7, mms13, mms24, MamJ, argK, mpsA, magA) の コ ピ ー several polices の phase than か ら, all survived 伝 が uniform に MDA に よ っ て rights of さ れ て い る こ と が わ か っ た. そ こ で, many others な bacteria が 観 examine さ れ た environment サ ン プ ル を use し て MDA を い, raised product picture の shearing に よ る fragment after 処 principle and BAC ベ ク タ ー に ク ロ ー ニ ン グ を line っ た. We have られたラ られたラ ブラリ ブラリ ブラリ ブラリ ブラリ <s:1> average ブラリ サ サ トサ ズ ズ であった, approximately 7.5 kbであった. に, バ イ オ ナ ノ マ グ ネ タ イ ト synthetic に masato and す る heritage 伝 subgroup の exploration line を っ た. そ の results, crystallization に masato and す る タ ン パ ク qualitative を コ ー ド す る posthumous son 伝 mms6 と identity を hold つ new rules but 伝 が son be さ れ, mms6 の N terminal areas に quite す る heritage 伝 with sequence に お い て salt base displacement が confirm さ れ た. One party で, the c-terminal domain に で salt displacement <e:1> is seen in られず, and the <s:1> high <s:1> preservation of this domain が is confirmed to be された. The same as に, the same as mms7に, the same as を, holding the 伝 child of the old heritage に, we get られた. さ ら に, 16 s rDNA に base づ い た molecular system line を っ た と こ ろ, 顕 micromirror 観 examine results agree と す る Magnetospirillum, and び Magnetococcus の bacterial が with fixed さ れ た he, new rules と exam え ら れ の る magnetic bacteria present が confirm さ れ た. Big ま た, Magnetococcus は き く 4 つ の ク ラ ス タ ー に classification さ れ る こ と が new た に Ming ら か に さ れ た.
项目成果
期刊论文数量(8)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Magnetoreception and Magnetosomes in Bacteria (Molecular Bioengineering of Bacterial Magnetic Particles for Biotechnological Applications) の項を担当
负责细菌中的磁感受和磁小体(用于生物技术应用的细菌磁性颗粒的分子生物工程)
- DOI:
- 发表时间:2006
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:T.Matsunaga;A.Arakaki
- 通讯作者:A.Arakaki
Controlled formation of magnetite crystal by partial oxidation of ferrous hydroxide in the presence of recombinant magnetotactic bacterial protein Mms6
- DOI:10.1016/j.biomaterials.2007.07.051
- 发表时间:2007-12-01
- 期刊:
- 影响因子:14
- 作者:Amemiya, Yosuke;Arakaki, Atsushi;Matsunaga, Tadashi
- 通讯作者:Matsunaga, Tadashi
Magnetic Cell Separation Using Nano-sized Bacterila Magnetic Particles with Reconstructed Magnetosome Membrane.
使用纳米细菌磁性颗粒和重建磁小体膜进行磁性细胞分离。
- DOI:
- 发表时间:2008
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Yoshino T;et. al.
- 通讯作者:et. al.
環境ゲノムからのバイオマグネタイト合成関連遺伝子群の探索
从环境基因组中寻找生物磁铁矿合成相关基因
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:T.Matsunaga;T.Suzuki;M.Tanaka;A.Arakaki;岡村好子;松永 是;澁澤美枝
- 通讯作者:澁澤美枝
トランスクリプトーム解析による磁性細胞Magnetospirillum magneticum AMB-1 における嫌気・好気条件下での磁石合成制御系の探索
通过转录组分析探索磁性细胞磁螺菌AMB-1中厌氧和有氧条件下磁体合成的控制系统
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:T.Matsunaga;T.Suzuki;M.Tanaka;A.Arakaki;岡村好子
- 通讯作者:岡村好子
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松永 是其他文献
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- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
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- DOI:
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- 影响因子:0
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- 发表时间:
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- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
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- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
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松永 是
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Grant-in-Aid for Early-Career Scientists