Development of theory and procedures for personalized medicine using statistical mechanisms of information processing

利用信息处理的统计机制开发个性化医疗的理论和程序

• 批准号: 18079012
• 负责人: INOUE Masato
• 金额: $ 6.21万
• 依托单位: Waseda University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18079012/
• 关键词: 情報統計力学; 確率的情報処理; 個別化医療; haplotype推定; 遺伝子-疾患関連; ゲノム多様性; ゲノム情報処理; バイオインフォマティクス; 統計的推測; ゲノムデータベース; 遺伝診断学

We investigated the haplotype inference method, which is an indispensable information processing technique for personalized medicine providing high quality diagnoses or medical treatments based on individual genetic information. This method involves dividing individual genetic information into two groups, one for paternal origins and the other for maternal origins. Our main achievement is the development of a novel highest quality haplotype inference method. The developed software is available for free through our website. We also developed more powerful but less accurate inference methods by using statistical mechanical techniques.

我们研究了单倍型推断方法，这是一种不可或缺的信息处理技术，个性化医疗提供高质量的诊断或医疗治疗的基础上个人的遗传信息。这种方法涉及将个体遗传信息分为两组，一组为父系来源，另一组为母系来源。我们的主要成就是开发了一种新的最高质量的单倍型推断方法。开发的软件可通过我们的网站免费获得。我们还开发了更强大的，但不太准确的推理方法，通过使用统计力学技术。

项目成果

2体結合モデルによる統計力学的ハプロタイプ推定

使用二体结合模型进行统计机械单倍型估计

• 发表时间: 2009
• 期刊: 電子情報通信学会技術研究報告 108(480)
• 作者: 千明裕;進藤裕;井上真郷
• 通讯作者: 井上真郷

Grouping preprocess to accurately extend application of EM algorithm to haplotype inference

分组预处理准确扩展EM算法在单倍型推断中的应用

• 发表时间: 2008
• 期刊: Journal of Human Genetics 53(8)
• 作者: Hiroyuki Shindo;Hiroshi Chigira;Junji Tanaka;Naoyuki Kamatani;Masato Inoue
• 通讯作者: Masato Inoue

作成したフリーソフト

创建自由软件

Decoding Algorithm of Low-density Parity-check Codes based on Bowman-Levin Approximation

• DOI: 10.1007/s00354-008-0069-1
• 发表时间: 2009-11
• 期刊: New Generation Computing
• 影响因子: 2.6
• 作者: K. Tamura;Miho Komiya;Masato Inoue;Y. Kabashima

Grouping preprocess for haplotype inference from SNP and CNV data Journal of Physics

根据 SNP 和 CNV 数据进行单倍型推断的分组预处理 物理杂志

• 发表时间: 2009
• 期刊: Conference Series 197
• 作者: Hiroyuki Shindo;Hiroshi Chigira;Tomoyo Nagaoka;Naoyuki Kamatani;Masato Inoue
• 通讯作者: Masato Inoue