ミヤコグサとのシンテニーを利用したダイズのゲノム構造の解析

利用与百脉根的同线性分析大豆基因组结构

• 批准号: 20017027
• 负责人: 原田 久也
• 金额: $ 5.38万
• 依托单位: National Institute of Agrobiological Sciences
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20017027/
• 关键词: ダイズ; ミヤコグサ; ゲノム; 連鎖地図; 比較地図; シンテニー; 同祖遺伝子; 遺伝子重複

1. ミスズダイズと秣食豆公503に由来するRILの連鎖地図を基準にして、ミヤコグサの塩基配列情報を利用して比較地図を作製した。F2連鎖地図を用いた結果と同様にダイズの染色体はミヤコグサ連鎖ブロックのモザイクとなっていた。相同染色体は1対ずつで、染色体レベルでは2倍体である。2. Williams82のゲノム塩基配列から同祖領域を探索したところ、領域の大きさは最大約12.4MBにわたっていることがわかった。同祖領域の分布は極めて複雑でダイズゲノムは複数の倍加と再編成を経て形成されたと考えられる3. ミヤコグサの花の対称性に関わる遺伝子cyc3のオーソログGmcyc3aを含むBACクローンとGmcyc3aの同祖遺伝子Gmcyc3bを含むBACクローンを異なる蛍光色素でラベルしてパキテン期染色体に同時に貼り付けるとそれぞれ同じ領域にシグナルが観察され、一方のシグナルが強いところは他方のシグナルが弱く見かけ上2つのシグナルがはっきりと認められた。同じことが、同祖遺伝子NFR1a、NFR1bなどでも観察された。また開花期関連遺伝子FT3を含むダイズのTACクローンと相同なミヤコグサのTACクローンは同じ位置にシグナルが見られ強弱が逆転していた。一般にミヤコグサのTACクローンはダイズのBACクローンに比較してシグナルが弱かった。4. ダイズのゲノムはマメ科植物の中で、極めて特異的であることがわかった。マクロシンテニー、マイクロシンテニーの解析から、倍加と再編成の結果、現在のゲノム構造が生じたと考えられる。ホモロジーの極めて高い同祖遺伝子は、一般に2つ存在していてそれは最も新しい時期の倍加による結果だと考えられる。それらの遺伝子間では機能の分業が生じていて、ダイズは遺伝子レベルでも2倍体としてのシステムを獲得していると言える。

1. The RIL chain is based on the RIL alignment information and is controlled by the RIL comparison information. F2-linked sites are used in the same way as chromosomes. The same chromosome is 1 pair, chromosome is 2 ploids. 2. Williams82 's base configuration is the same as the original domain, and the domain is the most recent. The distribution of the same ancestor domain is extremely complex, and the number of times it is multiplied is reorganized. In the case of the flower, the corresponding gene cyc3 is selected from the group consisting of BAC and Gmcyc3a, and the homologous gene Gmcyc3b is selected from the group consisting of BAC and Gmcyc3a. The chromophores of BAC and Gmcyc3a are selected from the group consisting of BAC and Gmcyc3b. The chromophores of BAC and Gmcyc3a are selected from the group consisting of BAC and Gmcyc3a. NFR1a, NFR1b, NFR 1c, NFR 1d, NFR 1e, NFR 1e Flowering date related gene FT3 contains TAC and TAC in the same position, and the opposite is true. In general, TAC and BAC services are weaker than TAC services. 4.ダイズのゲノムはマメ科植物の中で、极めて特异的であることがわかった。The result of the analysis and re-compilation of the data is that the data is generated by the data. In general, there are two kinds of problems: one is the problem of high quality, the other is the problem of low quality. In addition, the genetic diversity of the two genes is different, and the genetic diversity is different.

项目成果

An analysis of synteny of Arachis with Lotus and Medicago sheds new light on the structure, stability and evolution of legume genomes.

• DOI: 10.1186/1471-2164-10-45
• 发表时间: 2009-01-23
• 期刊: BMC genomics
• 影响因子: 4.4
• 作者: Bertioli DJ;Moretzsohn MC;Madsen LH;Sandal N;Leal-Bertioli SC;Guimarães PM;Hougaard BK;Fredslund J;Schauser L;Nielsen AM;Sato S;Tabata S;Cannon SB;Stougaard J
• 通讯作者: Stougaard J

Genetic redundancy in soybean photoresponses associated with duplication of phytochrome A gene.

与光敏色素 A 基因重复相关的大豆光反应的遗传冗余。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Genetics 180
• 作者: Liu;B.;et al.
• 通讯作者: et al.

Characterization of soybean genome based on synteny analysis with Lotus japonicus

• DOI: 10.1270/jsbbs.58.157
• 发表时间: 2008-06
• 期刊: Breeding Science
• 影响因子: 2.4
• 作者: Y. Tsubokura;Ryutaku Onda;Shusei Sato;Zhengjun Xia;M. Hayashi;Yukie Fukushima;S. Tabata;K. Harada