ミヤコグサを基準としたダイズのゲノム特性の解明

以百脉根为参考阐明大豆基因组特征

• 批准号: 17018005
• 负责人: 原田 久也
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17018005/
• 关键词: 植物; ゲノム; 遺伝子

ダイズの完全長cDNAライブラリーの19,436クローンについて末端領域塩基配列を決定した。品質の低い配列を削除して、19,103(両端15,019、片端4,084)が解析の対象になった。スプライスバリアントを独立と見なすと独立クローンの数は10,261となり、重複率は46.3%であった。独立クローンについてアノテーションを行なった。ライブラリーの品質が高いことが判明したので、クローンの充実には既存のライブラリーからさらにクローンをピックアップすることで十分に達成できると判断し、新たに2万クローンを単離して末端領域塩基配列を決定した。完全長cDNAクローンの両端塩基配列から設計したプライマーによるPCR産物を制限酵素の組み合わせApaI/RsaI、AluI/HaeIIIで処理後SSCP法で多型解析を行なうため、処理条件、泳動条件を検討した。その結果PCR産物は変性溶液に溶解後、95℃、5分加熱後直ちに氷上に保存すること、多型解析は非変性不連続電気泳動法により、4℃で、200V、7時間行なうことによりよい結果が得られることがわかった。この手法をCAS-SSCP(cleaved amplified sequence-single strand conformation polymorphism)法と名づけた。完全長cDNAの塩基配列から設計したプライマーで増幅産物が得られたもののうち、CAS-SSCP法で約40%が両親間で多型を示した。現在までにマッピング可能な48のマーカーが得られた。ダイズの組換え近交系を用いて、23クローンのマッピングが終了した。またミヤコグサの根粒で強く発現しているcDNAクローン19をRFLP法により同じ組換え近交系を用いてマッピングした。ミヤコグサのオルソログを同定して、今までのマーカーを含めて全体で261の共通マーカーの位置を決定することが出来た。これらのマーカーに基づきミヤコグサを中心にダイズとの比較地図を作製した。今までのシンテニーブロックが伸びたり、新たなブロックが加わった領域があり、比較地図を充実することが出来た。

ダ イ ズ の completely long cDNA ラ イ ブ ラ リ ー の 19436 ク ロ ー ン に つ い て end areas salt base with column を decided し た. The quality of the lower limit configuration を eliminates て, 19,103(two ends 15,019, two ends 4,084)が. Analysis of the になった counterpart になった. ス プ ラ イ ス バ リ ア ン ト を independent と see な す と independent ク ロ ー ン の は 10261 と な り, repetition rate 46.3% は で あ っ た. Independent なった ロ に に に に に に てアノテ ショ ショ を を なった lines なった. ラ イ ブ ラ リ ー の high quality が い こ と が.at し た の で, ク ロ ー ン の charge be に は existing の ラ イ ブ ラ リ ー か ら さ ら に ク ロ ー ン を ピ ッ ク ア ッ プ す る こ と で very に reached で き る と judgment し, new た に 20000 ク ロ ー ン を 単 from し て end areas salt base with column を decided し た. Completely long cDNA ク ロ ー ン の struck end salt base with column か ら design し た プ ラ イ マ ー に よ limitations を enzyme の る PCR products group み close わ せ ApaI/RsaI and AluI/HaeIII で 処 SSCP method after Richard で polymorphism analytical line を な う た め, 処 condition, swimming を beg し 検 た. に は そ の results PCR products - sex solution dissolves, 95 ℃, 5 points straight after heating ち に 氷 に save す る こ と, more analytical は non - not even 続 気 swimming method に よ り, 4 ℃ で line, 200 v, 7 time な う こ と に よ り よ い results ら が れ る こ と が わ か っ た. The <s:1> <s:1> technique をCAS-SSCP(cleaved amplified sequence-single strand conformation polymorphism) method と name づけた. Completely long cDNA の salt base with column か ら design し た プ ラ イ マ ー で raised product picture が must ら れ た も の の う ち, CAS - SSCP method about 40% が で struck between hydrophilic で polymorphism を shown し た. Now までに までに ッピ ッピ グ グ グ possibly な48 <s:1> カ カ が が られた. ダ イ ズ の group in え inbred line を with い て, 23 ク ロ ー ン の マ ッ ピ ン グ が end し た. ま た ミ ヤ コ グ サ の strong root granule で く 発 now し て い る cDNA ク ロ ー ン 19 を RFLP method に よ り with じ group in え inbred line を with い て マ ッ ピ ン グ し た. ミ ヤ コ グ サ の オ ル ソ ロ グ を with fixed し て, today ま で の マ ー カ ー を containing め て all common で 261 の マ ー カ ー の position を decided す る こ と が た. こ れ ら の マ ー カ ー に base づ き ミ ヤ コ グ サ を center に ダ イ ズ と の comparatively 図 を cropping し た. This ま で の シ ン テ ニ ー ブ ロ ッ ク が stretch び た り, new た な ブ ロ ッ ク が plus わ っ た field が あ り, comparatively 図 を charge be す る こ と が た.