ミヤコグサとのシンテニーを利用したダイズのゲノム構造の解析

利用与百脉根的同线性分析大豆基因组结构

• 批准号: 18017004
• 负责人: 原田 久也
• 金额: $ 5.44万
• 依托单位: National Institute of Agrobiological Sciences (2007)Chiba University (2006)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18017004/
• 关键词: ダイズ; ミヤコグサ; ゲノム; 連鎖地図; 連鎖群; シンテニー; シンテニーブロック; 比較地図

ダイズでは、共生関連遺伝子3、完全長cDNA53、窒素代謝関連酵素遺伝子14、種子特異的転写制御因子ホモログ6の位置情報が新たに得られた。これらのマーカーをミスズダイズと秣食豆公503を両親とするF_2連鎖地図上(マーカー数1277)に統合してシンテニー解析に用いた。主にダイズ連鎖地図上のマーカーに対するミヤコグサオルソログの位置を同定することにより、301の共通マーカーの位置を決定した。比較的長いシンテニーブロックが連鎖群1とL、3とH、4とA1の間に見られたが一般的にはダイズの染色体はシンテニーを示すミヤコグサのゲノム断片のモザイクとなっていた。ダイズの連鎖群A1とA2、A1とK、A2とG、A2とL、A2とM、B1とB2、B2とC1、B2とDlb、C1とC2、DlaとDlb、GとM、IとL、IとN、NとO、LとG、LとI、LとN、NとIの間に重複している領域が存在すること、パラログがゲノム中に散在していることがわかった。Nodファクター受容体遺伝子GmNFRla、GmNFRlbおよび開花期関連遺伝子FT2a、FT2bを含むBACコンティグの塩基配列を決定して各遺伝子の近傍の配列とミヤコグサのオルソログ周辺の配列を比較したところダイズパラログ近傍とミヤコグサオルソログ近傍で同時に高いマイクロシンテニーがあることが明らかになった。遺伝子のコード領域のアミノ酸配列レベルではダイズパラログ間で85-100%,ダイズとミヤコグサ間で75-90%の相同性があった。この結果からダイズの倍数化は比較的新しいものが含まれていることが示唆された。

ダ イ ズ で は, symbiotic masato heritage 伝 3, completely long masato cDNA53, smothering element metabolism enzyme heritage 伝 14, seed specific planning write suppression factor ホ モ ロ グ 6 の location intelligence が new た に must ら れ た. こ れ ら の マ ー カ ー を ミ ス ズ ダ イ ズ と provender eating beans and 503 を struck close と す る F_2 図 on chain (マ ー カ ー number 1277) に integration し て シ ン テ ニ ー parsing に with い た. On main に ダ イ ズ chain to 図 の マ ー カ ー に す seaborne る ミ ヤ コ グ サ オ ル ソ ロ グ を の position with fixed す る こ と に よ り, 301 common の マ ー カ ー の position を decided し た. Comparison of long い シ ン テ ニ ー ブ ロ ッ ク が linkage group 1, 3 と と L H, 4 と A1 の に between ら れ た が general に は ダ イ ズ の chromosome は シ ン テ ニ ー を shown す ミ ヤ コ グ サ の ゲ ノ ム fragment の モ ザ イ ク と な っ て い た. ダ イ ズ の linkage group A1 と A2 and A1, A2, A2 と と K G と, A2 と M, L と B2 B1, B2 と C1, B2 と Dlb, C1 と C2, Dla と Dlb, G I と と M, L, I と と N, N O, L と と I G, L, L と に between N, N と の I repeat し て い が る field exist す る こ と, パ ラ ロ グ In がゲノム, に is scattered in <s:1> て る る とがわ とがわ った った. Nod フ ァ ク タ ー by let body heritage 伝 GmNFRla, GmNFRlb お よ び anthesis masato even heritage 伝 FT2a, FT2b を containing む BAC コ ン テ ィ グ の salt base with column を decided し て each legacy 伝 の nearly alongside の match sequence と ミ ヤ コ グ サ の オ ル ソ ロ グ weeks 辺 の match column を compare し た と こ ろ ダ イ ズ パ ラ ロ グ nearly alongside と ミ ヤ コ グ サ オ ル ソ ロ グ nearly alongside で に at the same time high い マ イ ク ロ シ ン テ ニ ー が あ る こ と が Ming ら か に な っ た. Posthumous son 伝 の コ ー ド field の ア ミ ノ acid with column レ ベ ル で は ダ イ ズ パ ラ ロ グ で between 85-100%, ダ イ ズ と ミ ヤ コ グ サ で between 75-90% の identity が あ っ た. The <s:1> <s:1> result まれて らダ ズ ズ <s:1> the new <s:1> <s:1> <s:1> <s:1> が が が が が of the multiple <s:1> comparison contains まれて る る とが とが hint された.

项目成果

Genetics of symbiosis in Lotus japonicus:: Recombinant inbred lines, comparative genetic maps, and map position of 35 symbiotic loci

• DOI: 10.1094/mpmi-19-0080
• 发表时间: 2006-01-01
• 期刊: MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Sandal, N;Petersen, TR;Stougaard, J
• 通讯作者: Stougaard, J

ダイズ窒素代謝関連遺伝子のマッピング

大豆氮代谢相关基因定位

• 发表时间: 2008
• 作者: Xia;Z.;et. al.;N.Sandal et al.;西岡美樹ら
• 通讯作者: 西岡美樹ら