アカゲザルにおける非アルコール性脂肪肝障害と2型糖尿病のエピゲノム解析

恒河猴非酒精性脂肪肝和2型糖尿病的表观基因组分析

• 批准号: 26870290
• 负责人: 北本 綾
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-26870290/
• 关键词: ゲノム; 次世代シーケンサー; アカゲザル; 糖尿病; エピゲノム

非アルコール性脂肪肝障害（NAFLD）と2型糖尿病の発症に対するカロリー過剰摂取（環境因子）と遺伝素因との相互作用を明らかにするために、ヒトにおいてゲノムワイド相関解析（GWAS）で同定したNAFLD関連遺伝子領域に存在するPNPLA3、SAMM50、PARVB遺伝子の発現調節領域に着目した。アカゲザルのPNPLA3、SAMM50、predicted PARVB遺伝子の上流領域に存在する3ヶ所のCpG islandのメチル化解析を行った。9匹の肝臓組織と17匹の骨格筋から抽出されたゲノムを用いた。ゲノムをバイサルファイト処理し、PCRでCpG islandを増幅し次世代シーケンサーでメチル化レベルを測定した。肝臓組織において正常5匹と2型糖尿病4匹で比較した場合のメチル化レベルは、Predicted PARVB遺伝子の上流でメチル化レベルが有意に低下していることを明らかにした。さらに28匹のアカゲザルのゲノムを用いて、GWASで同定したNAFLD関連遺伝子領域全体にわたり次世代シーケンサーを用いてターゲットリシーケンスを行い、SNPを探索した。その結果2243箇所のSNPを見出し、そのうち新規SNPは1957箇所、新規挿入・欠失は191箇所であった。現在NCBIに登録中である。またアセンブラーにより8箇所の未知の配列を決定し、DDBJに登録した。NCBIの登録が完了次第、論文を投稿する。ヒトにおいては、PNPLA3、SAMM50、PARVB遺伝子の発現調節領域に存在する4ヶ所のCpG island（CpG99、CpG71、CpG26、CpG101）のメチル化解析と上記3遺伝子の遺伝子発現解析を行った。肝臓疾患における繊維化において2ヶ所のCpG island（CpG99、CpG26）のメチル化が重要であること、またNAFLDにおけるメチル化レベルは遺伝子多型により影響を受けることを示し、論文報告を行った。NAFLD発症に重要な因子であるアディポネクチン値とインスリン抵抗性に関して、ADIPOQ遺伝子上のSNPが女性においてのみ関連していることを示し、論文報告を行った。

Non-invasive fatty liver disease (NAFLD) in type 2 diabetes mellitus (T2DM) due to the interaction of environmental factors (environmental factors), there are significant differences in PNPLA3, SAMM50, PARVB sub-domains in the sub-fields of PNPLA3, SAMM50, and T2DM. In the upper-level domain of PNPLA3, SAMM50, and predicted PARVB, there is an analysis line in the upper-level domain of "CpG island" in "3". In 9 liver tissues, 17 skeletal tendons were extracted and used. In the first place, the PCR CpG island is used in the next generation, and the measurement results are not available. Liver tissue test showed that the liver tissue was normal in 5 patients with type 2 diabetes and 4 patients with type 2 diabetes. the patients with type 2 diabetes mellitus and Predicted PARVB patients showed that the liver tissue was normal, and the liver tissue was normal. In the first half of the year, all the people in the field of NAFLD were used in the same way as those in the GWAS system. The next generation was used in the next generation. In the same way, it was found that all the people in the field were in the same position as the SNP. The results show that all SNP reports in 2243, new regulations in SNP 1957, and new regulations in 191 are not available. We are now in the process of signing up for NCBI. The unknown is listed as "decision" and "DDBJ" in "8". NCBI has signed up for the first time and submitted articles for the first time. You can see that the CpG island (CpG99, CpG71, CpG26, CpG101) of CpG island (CpG99, CpG71, CpG26, CpG101) of "4" has been parsed in the "3" sub-column of the parsing column. Liver disease, liver disease NAFLD syndrome is an important factor, and there are several important factors in the disease, such as the resistance to SNP, the female, the SNP, and the reports.

项目成果

非アルコール性脂肪肝炎感受性領域の次世代シークエンサーによるターゲットリシークエンス

使用下一代测序仪对非酒精性脂肪性肝炎易感区域进行靶向重测序

• 发表时间: 2014
• 作者: 堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,上野隆登,兵庫秀幸,越智秀典,茶山一彰,中島淳

Targeted next-generation sequencing and fine linkage disequilibrium mapping reveals association of PNPLA3 and PARVB with the severity of nonalcoholic fatty liver disease

• DOI: 10.1038/jhg.2014.17
• 发表时间: 2014-05-01
• 期刊: JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Kitamoto, Takuya;Kitamoto, Aya;Hotta, Kikuko
• 通讯作者: Hotta, Kikuko

GCKR、TRIB1の遺伝子多型とメタボリックシンドローム及び非アルコール性脂肪肝疾患との関連

GCKR、TRIB1基因多态性与代谢综合征、非酒精性脂肪肝的关系

• 发表时间: 2014
• 作者: Kitamoto T;Kitamoto A;Ogawa Y;Honda Y;Imajo K;Saito S;Yoneda M;Nakamura T;Nakajima A;Hotta K.;堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,上野隆登,兵庫秀幸,越智秀典,茶山一彰,中島淳
• 通讯作者: 堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,上野隆登,兵庫秀幸,越智秀典,茶山一彰,中島淳

非アルコール性脂肪肝疾患（NAFLD）のエピゲノム解析

非酒精性脂肪肝（NAFLD）的表观基因组分析

• 发表时间: 2015
• 作者: 佐藤亮介;伊藤祐奈;喜多綾子;萩原加奈子;谷時雄;杉浦麗子;堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,中島淳
• 通讯作者: 堀田紀久子,北本綾,北本卓也,小川裕二,米田正人,中島淳

非アルコール性脂肪肝疾患感受性領域の次世代シークエンサーによるターゲットリシークエンス

使用下一代测序仪对非酒精性脂肪肝易感区域进行靶向重测序

• 发表时间: 2014
• 作者: 石田紘基;萩原加奈子;水庫彩;八百麻里子;岡田千聖;高塚三恵;北井佑樹;喜多綾子;益子高;松野純男;千葉健治;杉浦麗子;堀田紀久子,北本卓也,北本綾,兵庫秀幸,越智秀典,上野隆登,茶山一彰,米田正人,小川裕二,中島淳
• 通讯作者: 堀田紀久子,北本卓也,北本綾,兵庫秀幸,越智秀典,上野隆登,茶山一彰,米田正人,小川裕二,中島淳