Interaction analysis based on FMO method within geometrical fluctuation : application to prion protein

基于FMO方法的几何波动内相互作用分析：在朊病毒蛋白中的应用

• 批准号: 20850020
• 负责人: ISHIKAWA Takeshi
• 金额: $ 1.35万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20850020/
• 关键词: 量子化学; フラグメント分子軌道法; プリオンタンパク質; RI-MP2法; Fragment Molecular Orbital法; PAICS

本研究の目的は、生体分子内の相互作用を量子化学的に解析するための手法を構築し、それをプリオンタンパク質と薬剤候補化合物の相互作用解析に応用することである。研究期間を通じて、自身が開発しているFMO計算プログラム「PAICS」に相互作用を高速に計算するルーチンを導入し、少ない時間で複数構造に対し相互作用解析を行うことが可能となった。これらの計算結果を平均的に取り扱うことで、体内揺らぎを考慮しかつ量子化学的に相互作用を議論することができた。

は の purpose, this study の interaction in the living body molecular を quantum chemical analytical す に る た め の を build し, そ れ を プ リ オ ン タ ン パ ク qualitative と 薬 tonic alternate compound の interaction parsing に 応 with す る こ と で あ る. During the study period を tong じ て, own が 発 し て い る FMO computing プ ロ グ ラ ム "PAICS に interaction を" high-speed に computing す る ル ー チ ン を import し, less な い time で plural structure に し seaborne interaction line analytical を う こ と が may と な っ た. こ れ ら の calculations を average に take り Cha う こ と で, body 揺 ら ぎ を consider し か つ quantum chemistry に interactions を comment す る こ と が で き た.

项目成果

ランチョンセミナー:「次世代創薬への挑戦」

午餐研讨会：“下一代药物发现的挑战”

• 发表时间: 2010
• 作者: T. Ishikawa;K. Kuwata;石川岳志
• 通讯作者: 石川岳志

Fragment molecular orbital calculation with RI-MP2 method

RI-MP2法片段分子轨道计算

• 发表时间: 2009
• 期刊: Chemical Physics Letters 474
• 作者: T. Ishikawa;T. Ishikura;K. Kuwata;K. Kuwata;Takeshi Ishikawa
• 通讯作者: Takeshi Ishikawa

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Fragment molecular orbital calculation with RI-MP2 method, T. Ishikawa

用 RI-MP2 方法计算片段分子轨道，T. Ishikawa

• 发表时间: 2009
• 期刊: Chem. Phys. Lett. 474
• 作者: T. Ishikawa;T. Ishikura;K. Kuwata;K. Kuwata
• 通讯作者: K. Kuwata

Theoretical study of molecular interaction in prion protein based on fragment molecular orbital method

基于片段分子轨道法的朊病毒蛋白分子相互作用理论研究

• 发表时间: 2008
• 作者: T. Ishikawa;K. Kuwata;石川岳志;石川岳志;T. Ishikawa;石川岳志;Takeshi Ishikawa
• 通讯作者: Takeshi Ishikawa