ゲノムワイドなパラログ同時ノックアウトスクリーニング系の構築

旁系同源物全基因组同时敲除筛选系统的构建

基本信息

  • 批准号:
    22KJ3155
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 3.08万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 财政年份:
    2023
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2023-03-08 至 2024-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

本研究では、哺乳類細胞での複数同時ゲノム編集に適したCas12aを用いて、ヒトゲノムに存在するパラログを同時にノックアウトするライブラリを作製し、既存の1遺伝子ごとのノックアウトでは検出できなかったパラログの新たな遺伝子機能を探索するツールを開発することを目的としている。本年度は、選定したパラログセットに対するガイドRNAをコードするオリゴDNA(17596種)を合成し、レンチウイルスベクターにクローニングした。これを用いてノックアウトHeLa細胞プールを作製し、志賀毒素を作用させ、耐性細胞を回収した後に次世代シークエンスによってノックアウトされている遺伝子を同定した。志賀毒素の作用経路に関連する既知の遺伝子(パラログを有するが機能が冗長でないもの)はほぼすべて検出されたことから、Cas12aによるノックアウトが期待通り働いていることが確認できた。また、これまでの知見から志賀毒素の細胞内逆行性輸送に関与することが想定されるものの、過去に行われたスクリーニングでは同定されなかったパラログについても今回検出することができた。さらに、レンチウイルスライブラリに含まれるガイドRNAの存在比とノックアウトHeLa細胞プール(志賀毒素未処理)のゲノムに含まれるガイドRNAの存在比を比較することで、細胞の生存・生育に必須のパラログの候補も得ることができた。この中に、同時にノックアウトして初めて必須となることが既に知られているパラログが含まれていた。以上のことから、パラログ同時ノックアウトという本研究のアプローチの有用性が支持された。
In this study, we explored the function of multiple simultaneous gene encoding in mammalian cells, including the use of Cas12a, the development of new gene functions, and the development of new gene functions. This year, the number of RNA and DNA (17596 species) was selected and synthesized. This is the first time that we've seen this. Shiga toxin action pathway known to be related to the gene (such as the function of a long time), the detection of the virus, Cas12a, the expected transmission of the virus This is the first time that Shiga Toxin has been detected in humans. In addition, the ratio of the presence of RNA in HeLa cells (untreated with Shiga toxin) to the presence of RNA in HeLa cells (untreated with Shiga toxin) was compared with the ratio of the presence of RNA in HeLa cells (untreated with Shiga toxin). This is the first time that we have ever had a chance to learn something. The usefulness of this study is supported by the above discussion.

项目成果

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  • 通讯作者:
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  • 发表时间:
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  • 作者:
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  • 通讯作者:
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  • 发表时间:
    2013
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  • 作者:
    竹中 慎治;吉田 健二;本間 悠太;吉田 健一
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    2010
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知道了