Entwicklung eines Protein-Protein-Docking-Algorithmus und Anwendungen des Algorithmus bei der Struktur-Funktions-Analyse von Protein-Komplexen

蛋白质-蛋白质对接算法的开发及其在蛋白质复合物结构功能分析中的应用

• 批准号: 5129596
• 负责人: Professor Dr. Hans-Peter Lenhof
• 金额: --
• 依托单位: Zentrum für Bioinformatik
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Priority Programmes
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 1997-12-31 至 2005-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5129596?language=en
• 关键词: Entwicklung; eines; Protein; Docking; Algorithmus

Der Forschungsgegenstand des Projekts ist die Entwicklung und Implementierung von Algorithmen für das Protein-ProteinDocking-Problem, das wie folgt definiert werden kann: Gegeben seien die 3D-Strukturen zweier Proteine A und B. Berechne die 3D-Struktur des Protein-Komplexes AB. Im Rahmen des Projekts werden wir den am MPI in Saarbrücken entwickelten Algorithmus weiterentwickeln, ausbauen und durch die interdisziplinäre Zusammenarbeit in der Praxis unter realen Bedingungen testen. Wir werden neue Ansätze zur Berücksichtigung der KonformationsFlexibilität untersuchen und neue Verfahren zur Berechnung der freien Bindungsenergie implementieren. Durch die Kombination von Docking-Algorithmen und NMR/Röntgendiffraktion werden wir versuchen den Prozeß der Strukturaufklärung für Protein-Komplexe zu beschleunigen. Ferner werden wir unsere Docking-Verfahren bei der Suche nach inhibitorischen Leitstrukturen für Protein-Komplexe einsetzen. Die neuen Verfahren werden in die am MPI in Saarbrücken entwickelte C++-Software Bibliothek BALL (Biochemical Algorithms Library) integriert und auf diesem Weg der Allgemeinheit zur Verfügung gestellt.

该项目的研究是针对蛋白质-蛋白质对接问题的研究和实施，正如韦尔登可以明确的那样：将蛋白质A和蛋白质B的3D结构分成两个部分。Berechne die 3D-Struktur des Protein-Komplexes AB.在萨尔布吕肯的MPI项目中，韦尔登的项目将通过实践中的跨学科合作来进行真正的测试。我们韦尔登neue Ansätze zur Berücksichtigung der Konformationssportabilität untersuchen und neue Verfahren zur Berechnung der freien Bindungsenergie implementieren. Docking-Docking和NMR/Röntgendffraktion的组合韦尔登我们用来研究蛋白质复合物的结构特征。韦尔登将我们的对接工具放置在一个用于蛋白复合物的支架结构上。Die neuen Verfahren韦尔登在萨尔布吕肯的MPI中使用C++-Software Bibliothek BALL（Biochemical Algorithms Library）集成并支持该Weg der Allgemeinheit zur Verfügung gestellt。