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カルシウム結合リゾチ-ムのX線結晶構造解析

钙结合溶菌酶的X射线晶体结构分析

基本信息

批准号：
03680046
负责人：
田中勲
金额：
$ 0.77万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-03680046/
关键词：
リゾチ-ム結晶構造カルシウム結合ハト

项目摘要

ハト卵白から精製したカルシウム結合性リゾチ-ムをハンギングドロップ蒸気拡散法により結晶化した。結晶化剤として硫酸アンモニウムを使用した。同結晶をX線同折計で調べたところ斜方晶系に属し、空間群はP2_12_12_1であることが判明した。非対称単位中には1分子が存在している。この結晶からの回折デ-タをフジイメ-ジングプレ-トを使った回折計DIP100により収集し、分子置換法により構造を解明した。3A分解能のデ-タを使い、分子動力学的方法により構造を精密化したところ最終のR値は0.21となった。ニワトリ卵白リゾチ-ムとαーラクトアルブミンの主鎖とハト卵白リゾチ-ムの主鎖との間で最小2乗法による重ね合わせを行うことにより、ハトリゾチ-ムは、同じカルシウム結合性リゾチ-ムであるαーラクトアルブミンよりもニワトリリゾチ-ムの構造の方により近いことがわかった。一方でハトリゾチ-ムとαーラクトアルブミンの立体構造の差は、ニワトリあるいはヒトリゾチ-ムとαーラクトアルブミンの差より小さい。つまり、進化上、ハトリゾチ-ムはカルシウム非結合性リゾチ-ムとαーラクトアルブミンの中間に位置することが、立体構造の面から確認された。ハトとニワトリリゾチ-ムの主鎖コンフォメ-ションの最も大きな違いは分子表面の-プ部分にあることも判明した(平成3年度日本生物物理学会、日本結晶学会にて発表、J.Biochemistryに投稿)。カルシウム結合部位の構造の詳細に関する議論は、3Aの分解能では不十分であるので、シンクロトロン放射光を使って2Aまでのデ-タを次に収集した。このデ-タを使った構造の精密化を行い現在までにほぼ終了したいる。

The crystallization of the protein by evaporation and dispersion Crystallization of sulfuric acid X-ray homologist-crystal system belongs to space group P2_12_1. A molecule exists in a non-symmetrical position. The structure of this crystal is explained by the molecular substitution method. 3A decomposition energy and molecular dynamics method are used to refine the structure. The final R value is 0.21. The main lock of the main lock. The difference in the stereostructure of the resin is small. In the middle of the structure, there is a three-dimensional structure, which is confirmed by the evolution of the structure. The main lock of the molecular surface is identified (submitted by Japanese Biophysical Society, Japanese Crystallographic Society, J. Biochemistry, 2003). A detailed discussion of the structure of the binding site of the 3A is presented in this paper. The decomposition energy of the 3A is not very high. The radiation light of the 3A is not high. The structure of this project has been refined and now it has been completed.