Liganden für terminale Basenpaare von DNA Duplexen

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DNA- und RNA-Stränge bilden Duplexe mit Gegensträngen, in denen die Basenpaarungen den Regeln von Watson und Crick gehorchen. Die Sequenz-Selektivität im Inneren von Duplexen ist sehr hoch, an den Termini werden Mißpaarungen jedoch leicht toleriert. Bei kurzen Strängen, wie sie für Hybridisierungs-Sonden und Antisense-Therapeutika eingesetzt werden, verursachen T:C, T:G und T:T Mißpaarungen an den Termini kaum merkliche Verringerungen in der Duplexstabilität. Hier wird ein Projekt vorgeschlagen, in dem "molekulare Kappen" gefunden werden sollen, die die Stabilität und Selektivität von Basenpaarungen an den Termini von DNA Duplexen erhöhen. Dazu sollen Hybride synthetisiert werden, die die Liganden oder "Kappen" kovalent am 5`- oder 2`/3`-Ende von Oligonucleotiden tragen. Aus kleinen kombinatorischen Bibliotheken sollen sodann geeignete Verbindungen in zuvor etablierten massenspektrometrisch-verfolgten Selektionsexperimenten identifiziert werden. Es wird erwartet, daß die in dieser Arbeit aufzufindenden Liganden für exponierte terminale Basenpaare die Durchführung von Genom-orientierten Hybridisierungsexperimenten mit "DNA-Chips" erleichtern und weitere Erkenntnisse zur molekularen Erkennung von Nucleinsäuren liefern werden.