タンパク質のアミドI赤外バンドの新しい解析手法の開発
蛋白质酰胺I红外波段新分析方法的开发
基本信息
- 批准号:05740352
- 负责人:
- 金额:$ 0.58万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
- 财政年份:1993
- 资助国家:日本
- 起止时间:1993 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本年度は、以下の2点について研究を行った。1.タンパク質と溶媒分子の相互作用とアミドIバンドのF行列対角項との相関筆者は、タンパク質アミドIバンドの新しい理論的解析法(シミュレーション法)を開発してきており、本研究はその延長上に位置づけられる。これまでの研究により、従来の経験則では未解決であった問題の多くを解決することができたが、主鎖のペプチド基どうしの強い水素結合が形成されない柔軟なループ領域など、溶媒との接触が多いペプチド基については、分子間相互作用による構造変化等の点について、未だ考慮が不十分であった。そこで本研究では、タンパク質分子表面に対する各原子の寄与を算出するアルゴリズムを基に、タンパク質と溶媒分子の相互作用とアミドIバンドのF行列対角項との相関について検討した。その結果、溶媒分子との接触の程度が大きいペプチド基については、F行列対角項を若干小さめにとるのがよいことを見いだした。2.ジメチルスルホキシドの液体構造ジメチルスルホキシドは、タンパク質を溶解し皮膚を透過させるなど、実用的な面で重要なタンパク質の溶媒の1つである。このような観点から、ジメチルスルホキシド中におけるタンパク質の構造(特に水溶液中における構造との相違)は、広く注目を集めている。本研究では、これを計算化学的に解明するための第1段階として、ジメチルスルホキシド純液体の構造を、モンテカルロ法を用いて計算し、液体構造に敏感な実験法の1つであるラマンnoncoincidence効果の実験データとの比較検討を行った。今後、ここで得られた知見を基に、タンパク質とジメチルスルホキシドの2成分系の計算を行う予定である。
This year, the following 2 points of research were conducted. 1. A new theoretical analytical method for the interaction between solvent and substance is developed. This research has been conducted in the field of solvent and molecular interaction, and many problems have not been solved yet. In this study, the interaction between atoms and solvent molecules on the surface of molecules was calculated, and the correlation between atoms and solvent molecules was discussed. As a result, the contact degree of solvent molecules varies from large to small. 2. The structure of the liquid is different from that of the solvent. The structure of the material (especially the structure of the water solution) is different from that of the material. In this study, the first step of computational chemistry is discussed, and the structure of pure liquid is calculated by the method of calculation, and the non-coincidence effect of liquid structure is compared with the method of calculation. In the future, the calculation of the two-component system will be carried out according to the following conditions:
项目成果
期刊论文数量(1)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Hajime Torii: "Infrared intensities of vibrational modes of an alpha-helical polypeptide: Calculations based on the ECCF model" Journal of Molecular Structure. 300. 171-179 (1993)
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- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
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