タンパク質と水の分子間相互作用と振動ダイナミクスの協同性

蛋白质和水的分子间相互作用和振动动力学的协同性

• 批准号: 16041219
• 负责人: 鳥居 肇
• 金额: $ 5.25万
• 依托单位: Shizuoka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16041219/
• 关键词: タンパク質; 水; 分子間相互作用; 振動ダイナミクス; 協同性; N,N-ジメチルホルムアミド; アミドIバンド; 動的効果; N-メチルアセトアミド; 静電場; 分極

赤外領域における超高速レーザー技術に関する最近の進歩に伴い,赤外領域の2次元赤外スペクトルが精度良く測定できるようになって来ており,その理論的解析法にも関心が急速に深まってきている。そこで本年度は,溶媒運動の動的効果を取り入れた2次元赤外スペクトルの計算法を考案し,解析プログラムを開発するとともに,ペプチド基類似の性質をもつ液体であるN,N-ジメチルホルムアミドのアミドIバンドを対象にして,実際の計算をおこなった。まず,分子パラメーターの妥当性を検討するために,時間領域の表式を用いて偏光ラマンスペクトルを計算したところ,ラマンノンコインシデンス効果の大きさやバンドの非対称性といった点において,実験との良い一致を得た。したがって,振動ハミルトニアンの構築に用いた分子パラメーターは,十分に妥当であると結論づけられた。そこで,これを用いて2次元赤外スペクトルを計算した結果,(1)2次元赤外スペクトルの2つの振動数軸に対応する2つの時間間隔における振動励起波動関数がrephasingの関係にあるときには,実部における正のピーク位置や,虚部における正バンドの強度の対称性に,分子間の振動カップリングの効果を見ることができること,(2)偏光条件をzzzzとしたスペクトルとzxxzとしたスペクトルの差(S_<zzzz>-3S_<zxxz>)をとることにより,その効果をさらに明確に見ることができること,(3)2つの時間間隔における振動励起波動関数がnon-rephasingの関係にあるときにも,振動カップリングの効果を見ることはできるが,rephasingの場合ほど明確ではないこと,が明らかとなった。

Red areas outside に お け る ultra-high-speed レ ー ザ ー technology に masato す る の into step に with い recently, red outside areas の 2 yuan red outside ス ペ ク ト ル が く determination precision good で き る よ う に な っ て to て お り, そ の theory analytical method of に も masato deep heart が rapid に ま っ て き て い る. そ こ で は this year, solvent motor の services fruit を take り れ た 2 yuan red outside ス ペ ク ト ル の し を test case calculation method, analytic プ ロ グ ラ ム を open 発 す る と と も に, ペ プ チ ド base similar の nature を も つ liquid で あ る N, N - ジ メ チ ル ホ ル ム ア ミ ド の ア ミ ド I バ ン ド を like に seaborne し て, be interstate の computing を お こ な っ た. ま ず, molecular パ ラ メ ー タ ー の justice を beg す 検 る た め に, time domain の table type を い て polarization ラ マ ン ス ペ ク ト ル を computing し た と こ ろ, ラ マ ン ノ ン コ イ ン シ デ ン ス unseen fruit の big き さ や バ ン ド の non said seaborne と い っ た point に お い て, be 験 と の good い consistent を た. し た が っ て, vibration ハ ミ ル ト ニ ア ン の build に with い た molecular パ ラ メ ー タ ー は, very に appropriate で あ る と conclusion づ け ら れ た. そ こ で, こ れ を with い て 2 yuan red outside ス ペ ク ト ル を computing し た results, (1) 2 yuan red ス ペ ク ト ル の 2 つ の vibration number axis に 応 seaborne す る 2 つ の interval に お け る vibration excitation on wave number of masato が rephasing の masato is に あ る と き に は, be department に お け る is の ピ ー ク position や, imaginary part に お け る is バ ン ド の Strength の said に, seaborne intermolecular の vibration カ ッ プ リ ン グ の unseen fruit を see る こ と が で き る こ と, (2) polarization condition を ZZZZ と し た ス ペ ク ト ル と ZXXZ と し た ス ペ ク ト ル の difference (S_ < ZZZZ > - 3 S_ < ZXXZ >) を と る こ と に よ り, そ の unseen fruit を さ ら に に clearly see る こ と が で き る こ と , and (3) 2 つ の interval に お け る vibration excitation on wave number of masato が non - rephasing の masato is に あ る と き に も, vibration カ ッ プ リ ン グ の unseen fruit を see る こ と は で き る が, rephasing の occasions ほ ど clear で は な い こ と, が Ming ら か と な っ た.

项目成果

Time-domain calculation of the polarized Raman and two-dimensional infrared spectra of liquid N,N-dimethylformamide

液态N,N-二甲基甲酰胺偏振拉曼光谱和二维红外光谱的时域计算

• 发表时间: 2005
• 期刊: Chem.Phys.Lett.. 414(4-6)
• 作者: A.A.Zinchenko;B.Damien;K.Yoshikawa(分担執筆);H.Torii
• 通讯作者: H.Torii

Vibrational interactions in the amide I subspace of the oligomers and hydration clusters of N-methylacetamide

N-甲基乙酰胺低聚物和水合簇的酰胺 I 子空间中的振动相互作用

• 发表时间: 2004
• 期刊: J.Phys.Chem.A 108(35)
• 作者: K.Matsui;S.Horiuchi;S.Sando;T.Sera;Y.Aoyama;Akira Sato;Hitomi Sawai;H.Torii
• 通讯作者: H.Torii

Electrostatic origin of the cooperative effect on the C=O bond lengths and the amide I vibrational frequencies of the N-methylacetamide oligomers

• DOI: 10.1016/j.molstruc.2004.10.082
• 发表时间: 2005-02-14
• 期刊: JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE
• 影响因子: 3.8
• 作者: Torii, H