タンパク質-水系の構造形成・ダイナミクスと振動励起の動的振舞い
蛋白质-水系统的结构形成/动力学和振动激发的动态行为
基本信息
- 批准号:18031016
- 负责人:
- 金额:$ 3.71万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:2006
- 资助国家:日本
- 起止时间:2006 至 2007
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
タンパク質の振動スペクトルにおいて,1700-1600cm^<-1>に位置するアミドIバンドは,特に2次構造を反映する形状を示すことで知られているが,重要な幾つかの問題点が,未解決のままとなっている。それらを解決することを目的として,本年度は以下の研究を行った。(1)タンパク質のアミロイドに特徴的なアミドIバンドの形状が生み出されるメカニズムを詳細に明らかにする一環として,グルタミンおよびアスパラギン側鎖のアミド基が主鎖のペプチド基と振動相互作用を引き起こす可能性を,理論的に検討した。その結果,その振動相互作用の影響が,同位体置換によるバンド強度の変化に現れることが分かった。(2)ペプチド基のアミドIモードに対する水溶媒の動的挙動効果のメカニズムを詳細に明らかにする一環として,水溶媒が重水となった場合の変化を理論的に検討した。その結果,振動数揺らぎに含まれる減衰振動成分の周期が,軽水中では〜43 fsであるのに対し,重水中では〜60 fsであることが見出され,水分子のlibrationに由来することをサポートする結果となった。(3)水のOH伸縮振動励起の分子間移動に関わる理論計算結果が,計算に用いるポテンシャルモデルにどのように影響されるかを,理論的に検討した。TIP3P,TIP4P,TIP5P,SPC/Eの4種を比較したところ,時間領域分光シグナルについてはTIP5Pも良い結果を導くものの,振動数領域分光シグナルについてもあわせて考慮すると,SPC/Eモデルが最も実験に近い結果を導くことが分かった。
The <-1>quality of vibration is very high, and the position of vibration is 1700 -1600cm. The shape of vibration is reflected by the secondary structure. The important problems are not solved. This year's study is aimed at (1)A detailed discussion of the possibility of the vibration interaction between the base of the main lock and the base of the side lock is presented. As a result, the influence of vibrational interaction on isotope substitution is discussed. (2)A detailed analysis of the kinetic effects of aqueous solvents on heavy water is presented. As a result, the number of vibrations includes the period of attenuation vibration components, and the number of libration in water is ~ 43 fs. (3)Theoretical calculation results of intermolecular movement induced by OH stretching vibration in water are discussed. TIP3P,TIP 4 P,TIP5P,SPC/E 4 kinds of comparison, time domain spectroscopy, time domain spectroscopy, vibration domain spectroscopy,SPC/E, time domain spectroscopy, time domain spectroscopy, time domain
项目成果
期刊论文数量(7)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Comparison of different potential models in the calculations of the infrared and polarized Rarman spectra and the transient infrared absorption anisotropy of the OH stretching mode of liquid water
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- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:遠藤斗志也;森和俊;田口英樹;H.Torii;H.Torii
- 通讯作者:H.Torii
Theoretical analysis of the inter-beta-sheet vibrational coupling involving glutamin eside chains
涉及谷氨酰胺侧链的β片层间振动耦合的理论分析
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:遠藤斗志也;森和俊;田口英樹;H.Torii;H.Torii;H.Torii;H.Torii;鳥居 肇
- 通讯作者:鳥居 肇
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水溶液中肽链的红外、偏振拉曼和二维红外光谱的时域理论分析
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:遠藤斗志也;森和俊;田口英樹;H.Torii;H.Torii;H.Torii;H.Torii;鳥居 肇;H.Torii
- 通讯作者:H.Torii
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- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:遠藤斗志也;森和俊;田口英樹;H.Torii
- 通讯作者:H.Torii
Comparison of different optical processes of the two-dimensional infrared spectroscopy in the effect of intermolecular vibrational coupling calculated in the time domain : The case of liquid N,N-dimethylformamide
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- DOI:
- 发表时间:2006
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:遠藤斗志也;森和俊;田口英樹;H.Torii;H.Torii;H.Torii;H.Torii
- 通讯作者:H.Torii
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- 资助金额:
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