PCR-SSCP法を用いたC型肝炎ウイルス変異の分析と治療効果との関連性の研究

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C型慢性活動性肝炎のインターフェロン治療では投与前後の変異ウイルスの迅速な解析及び検討が治療効果予測に重要であると報告されている。しかしながらC型肝炎ウイルス(HCV)の変異解明のためには、最終的には塩基配列解析の作業が必要で、多大の時間、労力、経費を要する。そこで、1塩基の配列の差でも捉える事ができ、迅速、簡易なpolymerase chain reaction-single starand conformation polymorphism(PCR-SSCP)法を用いて症例毎のHCV変異クローンの数を知り、臨床ウイルス学に基づいた治療法の一部として貢献する事ができるかどうかという事を検討する目的で本研究を施行した。治療前後の時期のC型肝炎患者血清からRNAを抽出、cDNAを作製し、変異が多い領域のhypervariable region 1(HVR-1)のcDNAをPCR法で増幅、dideoxy法にて塩基配列を決定、治療前後の変異クローンの数を検索した。また、同じ検体に対してPCR-SSCP法を施行、銀染色にて変異クローンのバンド数を検討した。PCR-SSCP法で得られたHCV変異クローン数の結果と、実際に施行して得られた塩基配列解析による変異クローンの結果とを比較検討したが、いずれの検体に於いてもPCR-SSCP法で認められるバンドの数は、塩基配列解析より得られた変異クローン数よりも少なく、変異クローン数の多少という点に関してはある程度の傾向が見られる症例も存在したが必ずしも全例というわけではなく、この方法で症例の変異クローン数を的確に捕捉できるという結果は得られなかった。PCR-SSCP法での各種要因を変更して実験を施行してみたが、いずれも同様の結果であった。ただ今回の研究では簡易さという点を重要視してmini gelを用い、塩基配列決定の際に使用するような大きな長いgelは用いていない。今回意図した目的の一つとは合致しないが、そのような方法を用いて検討する事やバンドを的確に視認するためらdetection systemを用いた検討が次のstepとして必要と考えられる。