Drug design for transcription factors

转录因子的药物设计

• 批准号: 11358012
• 负责人: NISHIMURA Yoshifumi
• 金额: $ 21.44万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1999 至 2001
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11358012/
• 关键词: transcription tactors; DNA-binding proteins; drug; flow-type automated NMR; double-strand DNA chip; telomeres; TRF; hRapl; テロメア結合タンパク質; DNA結合ドメイン; 表面構造; hTRF1; Myb; hRap1; NMR; 基本転写因子; 転写活性化ドメイン; 薬物の探索と設計; TFIIE; PhoB

We have developed new technologies to analyze DNA-binding protein function and the interaction between proteins and other small molecules. New approach under development include a double-stranded DNA chip to detect DNA-binding specificities of proteins and a Protein Recycling Flow NMR system that will allow for faster screening of compounds that interact with proteins, while using much smaller amounts of the protein being screened.By using the newly developed double-stranded DNA chip we have detected rapidly the sequence specificity of human TRF1 that binds double stranded telomeric DNA. Many double-stranded DNA with different sequences were chipped on a glass slide and then hTRF1 was spotted on the glass slide. The intensities of the fluorescence labeled DNA indicate the sequence specificities of hTRF1. The each intensity of a specific DNA sequence bound hTRF1 is well correlated to the binding dissociation constant of hTRF1 for each DNA sequence examined by using BIACORE. By using BIACORE it takes seven days to analyze the binding constants of hTRF1 for seven different sequences, while by using our new double-stranded DNA chip it takes half an hour.

我们开发了新技术来分析DNA结合蛋白质的功能以及蛋白质与其他小分子之间的相互作用。目前正在开发的新方法包括双链DNA芯片检测蛋白质的DNA结合特异性和蛋白质循环流NMR系统，该系统将允许更快地筛选与蛋白质相互作用的化合物，同时使用更少量的被筛选的蛋白质。通过使用新开发的双链DNA芯片，我们已经快速检测了结合双链端粒DNA的人类TRF1的序列特异性。将许多具有不同序列的双链DNA切在载玻片上，然后将hTRF1点在载玻片上。荧光标记DNA的强度表明hTRF1的序列特异性。用BIACORE方法检测的每个DNA序列与hTRF1的结合强度与hTRF1的结合解离常数具有良好的相关性。通过使用BIACORE，需要七天的时间来分析七种不同序列的hTRF1的结合常数，而使用我们新的双链DNA芯片，需要半个小时。

项目成果

西村善文: "ウイングドヘリックス/フォークヘッド・ドメインの多様性"実験医学. Vol.18. 183-188 (2000)

Yoshifumi Nishimura：“翼状螺旋/叉头结构域的多样性”实验医学第 183-188 卷（2000 年）。

西村善文(分担執筆): "ここまで判った形づくりのシグナル伝達 (竹縄忠臣, 帯刀益夫 編、p.72-81)"羊土社. 278 (2002)

Yoshifumi Nishimura（合著者）：“迄今为止已了解的整形中的信号传输（Tadaomi Takenawa、Masuo Tateto，编辑，第 72-81 页）”Yodosha 278 (2002)。

Nishikawa, T.: "Solution Structure of a Telomeric DNA Complex of Human TRF1"Structure. 9. 1237-1251 (2001)

Nishikawa, T.：“人 TRF1 端粒 DNA 复合物的溶液结构”结构。

西村善文: "構造的に見たDNA認識の普遍性と多様性(転写因子の機能-転写制御複合体形成のダイナミクス蛋白質核酸酵素 臨時増刊号Vol.45,No.9,P.1683-1693)"共立出版. 11 (2000)

Yoshifumi Nishimura：“从结构角度观察 DNA 识别的普遍性和多样性（转录因子的功能 - 转录控制复合物、蛋白质、核酸、酶的形成动力学，特刊，第 45 卷，第 9 期，第 1683-1693 页） ）“共立书刊。11（2000）

西村 善文(分担執筆): "ここまで判った形づくりのシグナル伝達(竹縄 忠臣, 帯刀益夫 編)"羊土社. 72-81 (2002)

Yoshifumi Nishimura（合著者）：“迄今为止理解的形状形成的信号传输（由 Tadaomi Takenawa 和 Masuo Taito 编辑）” Yodosha 72-81 (2002)。