SAGE法によるヒト血液細胞の遺伝子発現解析

使用 SAGE 方法对人类血细胞进行基因表达分析

基本信息

批准号：
12204042
负责人：
橋本真一
金额：
--
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至 2001
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12204042/
关键词：
遺伝子発現 SAGE 血液細胞免疫樹状細胞 Th1 Th2

项目摘要

ポストゲノム時代、病態と関連した各組織、細胞の遺伝子発現の包括的解析が必要とされる。われわれは、生体防御機構(免疫)、特に炎症、免疫疾患をターゲットにした遺伝的要因の同定と分子レベルでの解明の為、生体防御機構に中心的な役割を担う血液細胞(特に樹状細胞)に焦点を絞りSerial analysis of gene expression(SAGE)を用い包括的な遺伝子発現解析を行った。SAGE法でヒト単球、GM-CSFとIL-4で単球より誘導した未成熟樹状細胞および、LPS刺激にて成熟させた樹状細胞の転写産物を13万個以上シークエンスし、樹状細胞が発現する遺伝子、既知、EST、未だ報告のない遺伝子を含めて16,000種類以上の転写産物の情報を得た。未成熟、成熟樹状細胞は今までの報告通りclassIIに関与する遺伝子を高頻度に発現していた。単球から成熟樹状細胞に分化するに伴って発現する既知の遺伝子は細胞骨格、細胞の移動に関与する遺伝子および、ケモカインが上位を占めていた。さらに、成熟樹状細胞に特異的な遺伝子を見い出すため、LPSで刺激した単球のSAGEライブラリーとLPS刺激成熟樹状細胞のSAGEライブラリーを比較し、幾つかの遺伝子(IFN-誘導遺伝子等)を成熟樹状細胞に高頻度に発現している遺伝子として同定した。これらの遺伝子の機能は未だ明らかになっておらず、成熟樹状細胞に高頻度に発現していることを考えると、免疫の調節に非常に重要な役割を担っていると予想される。また、ヒトナイーブCD4T細胞からIL-12及びIL-4を用いてTh1,Th2型のT細胞を作成し、PHAとionomycinで刺激した時の包括的遺伝子解析も行った。Th1,Th2細胞から合わせて64,510tag解析し、22,096個の遺伝子産物を得た。今後、得られた情報を基に癌ワクチンへの応用が期待される樹状細胞の機能をさらに明らかにできると期待している。T細胞のみならず、NKT細胞、B細胞など他の血液細胞の発現遺伝子を調べることにより、これらの個々の血液細胞発現遺伝子をデータベース化し、炎症、免疫疾患の遺伝的要因の同定と分子レベルでの解明に寄与したいと考えている。

在基因组时代，需要对每个组织中基因表达和与病理相关的细胞进行全面分析。为了鉴定和阐明旨在生物防御机制（免疫），尤其是炎症和免疫疾病的遗传因素，我们使用着专注于血液细胞（尤其是树突状细胞）的基因表达（SAGE）的序列分析进行了全面的基因表达分析，这些分析在生物防御机制中起着核心作用。使用SAGE方法测序了超过130,000个来自人类单核细胞，GM-CSF和IL-4的单核细胞的未成熟树突状细胞，以及通过LPS刺激成熟的树突状细胞的成熟，以及有关16,000多种转录本的信息，包括超过16,000个转录本，包括由树突状细胞表达的基因，已知，尚未报道，尚未报道。如前所述，未成熟和成熟的树突状细胞经常表达参与II类的基因。称为单核细胞的已知基因分化为成熟的树突状细胞是细胞骨架，参与细胞迁移的基因和趋化因子。此外，为了找到针对成熟的树突状细胞的基因，我们比较了与成熟树突状细胞的LPS和SAGE库刺激的单核细胞的鼠尾草文库，并鉴定了几个基因（例如在Mature Dendritic细胞中经常表达的基因），并鉴定了几个基因。这些基因的功能仍然未知，并且在成熟的树突状细胞中高度表达，并且预计它将在免疫调节中起着非常重要的作用。此外，当使用人类天真CD4 T细胞的IL-12和IL-4创建Th1和Th2型T细胞并用PHA和Ionymycin刺激时，进行了全面的遗传分析。从Th1和Th2细胞分析了总共64,510个标签，导致22,096个基因产物。我们希望获得的信息将进一步用于阐明树突状细胞的功能，树突状细胞有望应用于癌症疫苗。通过检查不仅在T细胞中，而且还检查其他血细胞（例如NKT细胞和B细胞）中的表达基因，我们希望能够数据库这些单个血细胞表达基因，这有助于鉴定炎症和免疫疾病中的遗传因子，以及在分子水平上阐明。