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5'-endSAGE法を用いた包括的エピジェネティクス

使用 5-endSAGE 方法进行综合表观遗传学

基本信息

批准号：
17651104
负责人：
橋本真一
金额：
$ 2.18万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17651104/
关键词：
転写開始点エピジェネティクス遺伝子発現 SAGE 癌

项目摘要

最近、種々の遺伝子の発現にエピジェネティックな作用が関与していることが明らかになってきた。特に癌の発生や進展にDNAのメチル化やヒストンの脱アセチル化などのエピジェネティックな異常が関与していると考えられている。しかしながらDNAのメチル化などのエピジェネティックな作用が、転写開始点およびその発現量にどのような影響を及ぼすか検討した報告は非常に少なくその詳細は明らかでない。そこで我々が開発した5'SAGE法を用いてエピジェネティックな作用が上述の発現様式にどのような影響与えるか検討した。脱メチル化剤(5-Aza-2'-deoxycytidine;5Aza)及び脱アセチル化阻害剤(TSA)処理した大腸癌細胞株HT-29からmRNAを単離し、5'SAGE法により転写開始点及び発現量について解析した。その結果、未処理の細胞に比べて5Aza, TSA処理群ではともに子発現量が増加し、さらに転写開始点の多様性の増加も観察された。興味深いことにTSA処理では遺伝既存の遺伝子の3'endに近接したイントロン及びエクソン領域、さらにアノテーションされていないゲノム領域からの非翻訳転写産物と考えられる発現量の増加が観察された。このことからエピジェネティクな変化が非翻訳転写産物の発現に関係していることが明らかとなった。さらにクロマチン免疫沈降法にてこの非翻訳転写産物発現領域のヒストンのアセチル化状態を調べた。その結果、非翻訳転写産物の転写開始点付近のアセチル化状態は既存の遺伝子の転写開始点付近の状態と比べて極めて低く、転写因子が高アセチル化状態の領域に結合して発現を誘導することを考えると、この非翻訳転写産物の発現様式は既存の遺伝子の発現様式と異なることが示唆された。今後、このヒストンアセチル化の変化によって増加した非翻訳転写産物の生理学的な意義についても検討する。

Recently, a variety of people have been able to tell each other that they do not have a role to play. In order to improve the quality of the cancer, the DNA will be improved, and the cancer will be improved. There is a significant increase in the number of DNA reports, such as the starting point, and so on. We do not want to use the 5'SAGE method to determine the effect of the above-mentioned method on the impact of each other. 5Aza (5Aza) and TSA (5Aza) were used to analyze the HT-29 cell line, mRNA cell line, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza, 5Aza and 5Aza. The results of the test, the number of unregulated cells compared to the 5Aza, the number of sub-data of the TSA cluster, and the number of data from the starting point of the reading, increased the number of readings. The deep taste, the TSA, the management, the existing, the, the? I don't know what to do. I don't know. I don't know what to do. The method of immunoprecipitation is used to determine whether the object is available in the field. The results show that the starting point of the non-flip writing system is lower than that of the current one, and that the writing factor is higher than that of the previous one. the results show that the starting point of the non-flip writing system is lower than that of the control group, and the combination of the write factor and the data field shows that the test result is correct, and the current configuration is available. In the future, we will change the meaning of the physiology of non-translation materials.