大腸菌必須遺伝子群の機能ネットワークの遺伝学的解析

大肠杆菌必需基因功能网络的遗传分析

• 批准号: 12206068
• 负责人: 三木 健良
• 金额: --
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12206068/
• 关键词: 大腸菌; K12; ゲノム; 必須遺伝子; 遺伝子破壊; 機能解析; ネットワーク; トランスポゾン

本研究は、大腸菌K12株の全必須遺伝子を同定し、同定された未知必須遺伝子の機能とそのネットワーラを明らかにすることを目的として行った。必須遺伝子の同定塩基配列決定により同定された機能未知のORFが存在するほとんどの領域をカバーするように、染色体全領域にわたって欠失株(計約160、欠失の平均約20kb)の作製を試み、86ケ所、計約1.7Mbの欠失不能領域を明らかにした。この内、35ケ所は特定の遺伝子(群)をプラスミドを用いて相補させた条件下で欠失させる方法により、トランスに必須な遺伝子領域を特定することが出来た。欠失させることが出来ていない残りの51ケ所については、今回、必須遺伝子がトランスに必須なのかシスに必須なのかを推定するシステムを構築できたので、今後これを用いて検討する計画である。また染色体全領域にわたった遺伝子破壊株(トランスポゾン挿入変異株、シス部分2倍体として作製)の構築が終了し、現在挿入部位特定の実験に入っている。特に上記欠失不能領域に位置する変異株については、約半数の挿入部位の特定を終了し、現在必須遺伝子を割り出し中である。未知必須遺伝子の機能解析比較的簡単な方法で高温変異株及びそれに対する抑圧変異株を単離し抑圧遺伝子を同定するシステムを構築した。実際に、染色体複製に必須なhda遺伝子を用いてテストを行ったところ、機能することが確かめられた。今年度の研究により、必須遺伝子の同定及び未知必須遺伝子の機能解析に必要なシステムがほぼ整った。今後はトランスポゾン挿入変異株の挿入部位の特定を進め、その結果を利用してプラスミドを作製し、それを用いて相補させた条件下で欠失株を作製し、未知必須遺伝子の同定を進める。さらに今年度構築したシステムを用いて遺伝学的に抑圧変異遺伝子を同定することにより、未知必須遺伝子の機能とそのネットワークに関連する遺伝子の同定を進めたい。

The purpose of this study was to identify and identify the function of all essential genes of E. coli K12 strain. The sequence determination of the homologous gene of the required gene is based on the sequence determination of the homologous gene. The function of the ORF is unknown. The domain of the chromosome is unknown. The whole domain of the chromosome is unknown. The production of the missing plant (about 160, the average missing is about 20kb) is tested. 86. The missing domain of about 1.7 Mb is clear. In this case, 35 percent of the specific information (group) should be used to supplement the information under the condition that the method is missing, and the information must be used to specify the information sub-field. The 51-year-old is expected to build a new project in the future. The construction of chromosome whole domain DNA fragments (including DNA fragments, diploids, etc.) is completed, and the insertion site is specified. In particular, about half of the missing parts of the plant have been removed from the site, and now they must be removed from the site. A simple method for analyzing and comparing the functions of unknown genes is to construct a system of high temperature and low pressure genes. In the meantime, chromosome replication must be carried out in a timely manner. This year's research focuses on the identification of essential genes and the functional analysis of unknown essential genes In the future, we will make progress in the identification of the entry sites of different plants and the identification of unknown essential plants under the condition of using the above methods to control and complement each other. This year's construction of a system for the use of genetic technology, the suppression of genetic diversity, the identification of genetic diversity, the identification of genetic diversity, the