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Identification of susceptibility genes for functional psychoses by whole genome scan

全基因组扫描鉴定功能性精神病易感基因

基本信息

批准号：
12307020
负责人：
YOSHIKAWA Takeo
金额：
$ 22.84万
依托单位：
RIKEN
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至 2002
项目状态：
已结题

项目摘要

Family-based linkage disequilibrium (LD) mapping has been suggested as a powerful and practical alternative to linkage analysis. We have performed a genome-wide LD survey of susceptibility loci for schizophrenia in a Japanese population. We first typed 119 schizophrenic pedigrees (357 individuals) with 444 microsatellite markers, and analyzed the data using the pedigree disequilibrium test. This analysis revealed 14 markers that showed significant transmission distortion. To corroborate these findings, we changed our statistical methods to the extended transmission disequilibrium test (ETDT) , using 80 independent complete trios (a schizophrenic offspring and their parents), 68 of which were derived from the initial pedigrees and 12 newly recruited trios. ETDT supported two markers for continued association, D11S987 on 11q13.3 (P=0.00009) and D16S423 on 16p13.3 (P=0.002). We scrutinized the most significant genomic locus on 11q11-13 by adding 26 new markers for analysis. Results of three-marker haplotype analysis in the region showed evidence of association with schizophrenia (most significant haplotype P=0.0005, global P=0.022). Although the present study may have missed other potential genomic intervals because of the sparse mapping density, we hope that it has identified promising anchor points for further studies to identify risk-conferring genes in Japanese schizophrenia.

以家系为基础的连锁不平衡（LD）作图已被认为是连锁分析的一种强有力的和实用的替代方法。我们在日本人群中进行了精神分裂症易感基因的全基因组LD调查。我们首先用444个微卫星标记对119个精神分裂症家系（357人）进行了分型，并使用家系不平衡检验对数据进行了分析。该分析揭示了14个标记，显示出显着的传输失真。为了证实这些发现，我们改变了我们的统计方法的扩展传递不平衡检验（ETDT），使用80个独立的完整的三人组（精神分裂症的后代和他们的父母），其中68个来自最初的家系和12个新招募的三人组。ETDT支持两个持续关联的标记，11q13.3上的D11 S987（P=0.00009）和16p13.3上的D16 S423（P=0.002）。我们通过添加26个新标记进行分析，仔细检查了11 q11 -13上最重要的基因组位点。在该地区的三个标记单倍型分析结果显示与精神分裂症（最显着的单倍型P=0.0005，全球P=0.022）。虽然目前的研究可能会错过其他潜在的基因组间隔，因为稀疏的映射密度，我们希望它已经确定了有前途的锚点，为进一步的研究，以确定日本精神分裂症的风险赋予基因。