ヒトと他の霊長類間における発現調節機構の比較解析

人类与其他灵长类动物表达调控机制的比较分析

• 批准号: 01J60093
• 负责人: 肥田 宗友
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J60093/
• 关键词: ヒト; チンパンジー; 完全長cDNAライブラリー; カニクイザル; 遺伝子; mRNA; 遺伝子発現; 比較解析; mRNAの相同性; ヒトと他の霊長類の類似点・相違点

本年までにオリゴキャッピング法を利用して、カニクイザルとチンパンジーの脳(脳幹、延髄、前頭葉、後頭葉、側頭葉、小脳)、皮膚・皮下組織、精巣、肝臓、腎臓、心臓、精管組織などの各組織片から完全長cDNAライブラリーを作製した。ライブラリーからのシークエンシングは、カニクイザルについては国立感染症研究所遺伝子資源室、チンパンジーについては東京大学大学院新領域創成科学人類進化システムで行ってきた。現在までにカニクイザルで約5,000、チンパンジーで約4,000の遺伝子のmRNA配列が得られている。それらの配列を利用したmRNA5'側領域の比較解析の結果、KA/KS比が1を超えるような非同義置換速度の早い遺伝子がいくつかみられた。また、遺伝子の機能に基づいた統計的解析を行ったところ、発生で働く遺伝子群が予想に反して配列の保存度が低いことが分かった。遺伝子の発現機構を知るために必要なmRNAの5'側上流(プロモーター領域と考えられる)領域の配列を得るための予備実験として、ヒト遺伝子の5'側領域のプライマーセットを用いてPCRにより配列を得た。得られた配列を比較解析したところ非常によく保存されていることが分かった。PCRによって産物が得られなかった遺伝子についてはインバースPCR法を利用して配列を得ようとしたが予想以上に困難であった。今後は、mRNAの5'側上流を得るための手法の確立が必要となる。ただし、チンパンジーにおいては、公開されたチンパンジーゲノム配列情報を利用してmRNAの5'側上流配列を多くの遺伝子で得ることが可能となり発現に基づいた比較解析が行えるだろう。

This year ま で に オ リ ゴ キ ャ ッ ピ ン グ を using し て, カ ニ ク イ ザ ル と チ ン パ ン ジ ー の 脳 (脳 dry, delay marrow, front lobe, occipital lobe, lateral head leaves and small 脳), skin, subcutaneous tissue, fine 巣 crucial crucial routine, liver, kidney, heart, pure tube organization な ど の organizations piece か ら completely long cDNA ラ イ ブ ラ リ ー を cropping し た. ラ イ ブ ラ リ ー か ら の シ ー ク エ ン シ ン グ は, カ ニ ク イ ザ ル に つ い て は traces of the national institute of adapting just-in-time inventory 伝 subresource room, チ ン パ ン ジ ー に つ い て は Tokyo university and new fields into science college, human evolution シ ス テ ム で line っ て き た. Now ま で に カ ニ ク イ ザ ル で about 5000, チ ン パ ン ジ ー で about 4000 の heritage 伝 son の mRNA with column が must ら れ て い る. そ れ ら の match column を using し た mRNA5 'side field の comparative analytic の results, KA/KS が 1 を super え る よ う な non synonymous substitution rate の early い heritage 伝 son が い く つ か み ら れ た. ま た, heritage 伝 son の function に base づ い た statistical parsing line を っ た と こ ろ, 発 で 働 く heritage 伝 subgroup が to think に anti し て match column の save degrees low が い こ と が points か っ た. Posthumous son 伝 の 発 institutions now know を る た め に necessary な mRNA の 5 'side upper (プ ロ モ ー タ と ー field test え ら れ る) field の match column を must る た め の reserve be 験 と し て, ヒ ト heritage 伝 son の 5' side of the field の プ ラ イ マ ー セ ッ ト を with い て PCR に よ り match column を た. Have to ら れ た match column を comparative analytic し た と こ ろ very に よ く save さ れ て い る こ と が points か っ た. PCR に よ っ て product が have ら れ な か っ た posthumous son 伝 に つ い て は イ ン バ ー を ス PCR method using し て match column を must よ う と し た が difficult to think above に で あ っ た. In the future, it is necessary to establish が necessary となる for the を and るため flow techniques of the <s:1> on the 5' side of the <s:1> mRNA. た だ し, チ ン パ ン ジ ー に お い て は, publicly さ れ た チ ン パ ン ジ ー ゲ ノ ム match column intelligence を using し て mRNA の 5 'side on LiuPei column more than を く の heritage 伝 sons で may る こ と が may と な り 発 now に base づ い た comparative analytical line が え る だ ろ う.

项目成果

Komatsu T.: "Molecular cloning, mRNA expression and chromosomal localization of mouse angiotensin-converting enzyme-related carboxypeptidase (mACE2)"DNA Seq.. 13. 217-220 (2002)

小松 T.：“小鼠血管紧张素转换酶相关羧肽酶 (mACE2) 的分子克隆、mRNA 表达和染色体定位”DNA Seq.. 13. 217-220 (2002)

Osada N.: "Search for genes positively selected during primate evolution by 5'-end-sequence screening of cynomolgus monkey cDNAs"Genomics. 79. 657-662 (2002)

Osada N.：“通过食蟹猴 cDNA 的 5 末端序列筛选，寻找灵长类进化过程中积极选择的基因”基因组学。

Osada N.: "Prediction of unidentified human genes on the basis of sequence similarity to novel cDNAs from cynomolgus monkey brain"Genome Biol.. 3. 1-6 (2002)

Osada N.：“根据与来自食蟹猴脑的新型 cDNA 的序列相似性来预测未鉴定的人类基因”Genome Biol.. 3. 1-6 (2002)