マクロアレイを用いた葉緑体発達に関わる核遺伝子の抽出と発現解析

使用宏阵列提取参与叶绿体发育的核基因并进行表达分析

• 批准号: 13202016
• 负责人: 金丸 研吾
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13202016/
• 关键词: マクロアレイ; シロイヌナズナ; 葉緑体; トランスクリプトーム; データベース

<マクロアレイのケミルミでの検出・解析法の確立>ビオチン標識したcDNAプローブをハイブリさせたマクロアレイを化学発光させて蛍光イメージアナライザーでシグナルを取り込み、数値化して解析する手法を確立した。本研究代表らが設立したJCAAは、昨夏以降、高品質、低価格での委託作成の段取りを整え、第二期メンバーを公募して全国90研究グループを超えるコンソーシアムになった。本研究代表らによるDNAスポット量やデプローブ条件の最適化を済ませ、マクロアレイ355セットを5月迄に配分できる予定である。(蛋白質・核酸・酵素2002,Vol47,91-93)。<データベース構築とアレイ解析結果の対比>JCAAアレイ上のESTクローン用のデータベース(名大鈴木孝征氏作成)を改良し、検索対象を全推定遺伝子に拡大、オルガネラ移行予測検索結果などを加えたDARTを全国の研究者に公開した。このDBによりJCAAマクロアレイ上には全遺伝子の4割、葉緑体移行が予測される蛋白質の半分以上の遺伝子が網羅されていることがわかった。そこで手始めに、光漂自剤の影響と葉緑体発達不全変異株についてアレイ解析した。<国内外での成果の位置づけ>葉緑体関連遺伝子のアレイ解析によるグループ化において本研究は世界的にもパイオニア的取り組みである。特に定量性でマイクロアレイより優れたマクロアレイを汎用性の高いケミルミ法でシロイヌナズナでも解析できるようにした意義は大きい。誰でも利用できる国産cDNAアレイを有志活動で供給する試みは共同作成から委託作成へと拡大、発展している。これらにより本研究遂行に十分な数のマクロアレイが確保できた。さらに、残ったPCR産物を活用して効率的にサブアレイ作成ができるシステムを新年度から動かす予定で、自身を含め我が国におけるシロイヌナズナのマクロアレイ研究は今後急速に成果を挙げると期待される。

<Establishment of the detection and analysis method of cockroaches> The method of extracting, digitizing and analyzing the cDNA probes of the cockroaches identified by the cockroaches was established. This study represents the establishment of JCAA since last summer, high-quality, low-standard commissioned production of segment selection, the second phase of the public offering to the national 90 research projects to improve the quality of the project. This study represents the optimization of DNA sequencing conditions from May to May. (Proteins, Nucleic Acids, Enzymes 2002, Vol. 47,91-93). <Comparison of ESTs construction and analysis results> ESTs for JCAA (created by Takashi Osuzuki) were improved, and the results of migration prediction were published nationwide by researchers. This database contains 4 fragments of complete protein, 4 fragments of chloroplast migration, and 5 fragments of protein. The effect of light drift on chloroplast development is not complete. The results of this study are based on the analysis of chloroplast-related genes in the world. In particular, quantitative analysis is of great significance. Who can use the domestic cDNA to provide the desired activities? Try to jointly create, commission, and develop. This study was carried out in a number of ways. We are looking forward to the rapid development of the PCR products in the future.

项目成果

K.Kanamaru, A.Nagashima, M.Fujiwara et al.: "An Arabidopsis sigma factor (SIG2)-dependent expression of plastid-encoded tRNAs in chloroplasts"Plant & Cell Physiology. 42(10). 1034-1043 (2001)

K.Kanamaru、A.Nagashima、M.Fujiwara 等人：“叶绿体中质体编码 tRNA 的拟南芥 sigma 因子 (SIG2) 依赖性表达”植物