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共生細菌Symbiobacterium thermophilumのゲノム構造決定

共生菌嗜热共生菌基因组结构测定

基本信息

批准号：
13206072
负责人：
上田賢志
金额：
$ 2.88万
依托单位：
Nihon University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13206072/
关键词：
Symbiobacterium thermophilum genome growth factor proteome symbiosis dialysis culture peptide protease

项目摘要

内槽の底面に透析膜を装着し外槽の内部に設置する様式の2重槽式透析ジャーファーメンターを設計、製作した。外槽に2.1L、内槽に0.9Lの培地を準備し、それぞれにBacillus S株とS. thermophilumの純粋菌体を接種することで透析培養を確立した。このシステムを用いてS. thermophilumの培養に伴う環境変化モニタリングが可能になった。この装置によって大量に回収したS. thermophilumの菌体から抽出したゲノムDNAのパルスフィールド電気泳動法によるフラグメント解析により、この菌のゲノムサイズを約3.3Mbと算定した。また、得られたゲノムDNAをもちいたクローンライブラリを作成し、ランダムなシークエンス作業を開始した。同時に、2槽式培養・酵母エキスによる単独培養(嫌気/好気)の各条件における培養菌体抽出蛋白質について2次元電気泳動による解析を行い、顕著な変動を示すスポットを複数特定し、それらの一部についてはN-末端アミノ酸配列を決定した。生育支持因子についてはBacillus S株培養上清ならびに酵母エキス中の活性成分に関する詳細な解析を行った。その結果、低分子性の活性成分には少なくとも性質の異なる2種類が存在し、一つは短鎖ペプチドと考えられる活性炭吸着性物質、もう一つは特定の濃度範囲のカリウムイオンによって置き換えることができる活性炭非吸着性物質であることを明らかにした。さらにこの低分子2成分について、Bacillus S株は両成分を、枯草菌は前者を、大腸菌は後者のみを生産する可能性が示された。Bacillus S株蛋白質抽出液中の高分子画分における活性は、前者の低分子成分の生産に関与しているものと予想される。

Design and manufacture of a two-cell dialysis membrane installed on the bottom of the inner cell and installed inside the outer cell 2.1L for outer tank and 0.9L for inner tank, and preparation for cultivation. Thermophilum is a pure cell culture medium. This is the first time I've ever seen one. The culture of thermophilum is accompanied by environmental changes. This device is designed to be a large number of devices. The DNA of thermophilum was extracted and determined by electrokinetic method. The DNA of thermophilum was analyzed by electrokinetic method. The DNA of thermophilum was determined by 3.3Mb. The first step is to start the process of DNA extraction. At the same time, 2-cell culture, yeast culture, single culture (anaerobic/anaerobic), various conditions, culture bacteria extract protein, 2-dimensional electrokinetic analysis, dynamic analysis, multiple specific, all part of the determination, N-terminal acid alignment. Detailed analysis of active ingredients in Bacillus S culture supernatant and yeast culture medium As a result, there are two kinds of active ingredients with low molecular weight and different properties. One kind of activated carbon adsorbs substances, the other kind of activated carbon adsorbs substances with specific concentration range. The possibility of production of these two low molecular weight components by Bacillus strain, Bacillus subtilis and Escherichia coli was demonstrated. The activity of high molecular weight fraction in Bacillus strain protein extract is related to the production of low molecular weight fraction.