二次元色彩化によるゲノムデータベースの解析

使用二维着色分析基因组数据库

• 批准号: 13208007
• 负责人: 大澤 研二
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13208007/
• 关键词: ゲノム; タンデムリピート; 色彩化; ヒトゲノム; 細菌

・ヒト21番染色体中のタンデムリピートの解析:ヒト21番染色体中のタンデムリピートの解析を行い、28Mbセグメント中に30塩基長以上の周期をもつタンデムリピートを約300ヶ所同定した。見つかったうちで最も長い周期は639塩基であった。全体に渡る分布では、ある領域に集中する傾向が見られるとともに、かなりの長さに渡ってタンデムリピートが存在しない領域が見られた。・多くの細菌ゲノム中のタンデムリピートの探索:弘前大学の清水俊夫教授との共同研究により、大腸菌以外の細菌についても探索を行い、多くの知見を得た。特に一部の細菌ゲノムでは、非常に多くのタンデムリピートの存在が明らかとなった。また、ピロリ菌の一つのゲノムでは、大きなinverted repeatsの存在が明らかとなった。・他の探索手法との比較:Bensonの開発したタンデムリピート探索法との比較により、二次元色彩化でのみ発見できるタンデムリピートの存在を確認した。ヒト21番染色体のRepeatMaskerによる反復配列の解析結果と比較し、多くのタンデムリピートが二次元色彩化でのみ見出される事を確認した(二次元色彩化により発見されたタンデムリピートのうち約40%がRepeatMaskerでは発見されていない)。

· ヒ ト 21 times in the chromosome の タ ン デ ム リ ピ ー ト の analytic: ヒ ト 21 times in chromosome の タ ン デ ム リ ピ ー ト の parsing を い, 28 MB セ グ メ ン ト に in more than 30 salt base long の cycle を も つ タ ン デ ム リ ピ ー ト を about 300 ヶ the prescribed with し た. See ったうちで ったうちで the longest ったうちで period であった 639 base であった. All に crossing る distribution で は, あ に る field concentrated す る tendency が see ら れ る と と も に, か な り の long さ に crossing っ て タ ン デ ム リ ピ ー ト が exist し な い field が see ら れ た. In bacteria, く の ゲ ノ ム の タ ン デ ム リ ピ ー ト の exploration: の water jung of the university's professor と の joint research に よ り の bacteria, coliform に つ い て も explore を い, more く の knowledge を た. Trevor に a の bacteria ゲ ノ ム で は, very に く の タ ン デ ム リ ピ ー ト の is が Ming ら か と な っ た. Youdaoplaceholder0, ピロリ bacteria ピロリ one また ゲノムで ゲノムで ピロリ, large な なinverted repeats また exist が Ming ら となった. , he の exploration technique と の comparison: Benson の open 発 し た タ ン デ ム リ ピ ー ト exploration method と の is に よ り, two dimensional colour で の み 発 see で き る タ ン デ ム リ ピ ー ト の exist を confirm し た. ヒ ト's chromosome 21 の RepeatMasker に よ る repeatedly with column の parsing results と し, multiple く の タ ン デ ム リ ピ ー ト が secondary yuan color で の み shows さ れ る を sure し た (two dimensional color に よ り 発 see さ れ た タ ン デ ム リ ピ ー ト の う ち about 40% が RepeatMasker で は 発 see さ れ て (な な).