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DNA塩基配列の二次元パターン化による解析

DNA 碱基序列的二维图案分析

基本信息

批准号：
09878140
负责人：
大澤研二
金额：
$ 1.15万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
1997
资助国家：
日本
起止时间：
1997 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

DNA塩基配列を色彩化し、二次元平面上に並べることにより、配列の中に含まれる情報を決まったパターンとして顕在化することを試みた。変換法式としては、それぞれの塩基の種類に対して決まった色をあてはめる方法をとり、様々な配列の解析を試みた。その結果、ヒトのcDNA配列中のアミノ酸配列を決定する領域とそうでない領域の区別がつくことを示すとともに、DNA配列中に含まれる反復配列を繰り返しのあるパターンとして容易に顕在化できることを示した。特に後者では、最近報告された大腸菌のゲノムに関して、反復長が24塩基対から541塩基対までの反復配列が合計42個存在することを見いだした。また、この方法はタンパク質のアミノ酸配列の解析にも応用でき、疎水性の度合などといったアミノ酸残基の性質に応じた色彩化を行うことにより球状やロッド状といった全体的な構造の違いを示すとともに、αヘリックスやコラーゲンヘリックスなどの特徴も顕在化できることが示された。特徴の顕在化において重要となる要素の解析については、円周率などの無理数や循環小数などの有理数を数字列として扱って、この方法を適用することで、文字列の中のどのような特徴が明らかになるのかを調べ、反復配列などの繰り返しのパターンだけでなく、特定の文字や文字のグループの分布の偏りによって色彩パターンが顕在化することが明らかとなった。これらの結果は、日本生物物理学会年会、ゲノムインフォーマティックスワークショップ、国際シンポジウム「DNA解析技術の最近の進歩」等において発表した。

DNA base alignment is colorized, and the alignment information is determined in the quadratic plane. For example, if you want to change your language, you can change your language. As a result, the cDNA alignment in the DNA sequence determines the domain and the difference between the domain and the domain. The DNA alignment in the DNA sequence includes the repeated alignment. The sequence is easy to change. In particular, the last report showed that there were 42 E. coli strains present in the 24-base pairs and 541-base pairs. This method is used to analyze the structure of acid residues in the solution. When analyzing the important and important elements of characteristics, if this method is applied, the characteristics of the characters in the text column can be adjusted clearly, and the silence of repeated columns can be restored. The distribution of specific characters and characters is different from that of color. The results were presented at the annual meeting of the Japanese Society of Biophysics, the International Conference on DNA Analysis Technology, and other topics.