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リガンド分子の柔軟性は受容体モデルにどう分子認識されるか

受体模型如何识别配体分子的灵活性？

基本信息

批准号：
13771355
负责人：
後藤了
金额：
$ 1.47万
依托单位：
The University of Tokushima
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至 2002
项目状态：
已结题

项目摘要

糖質認識タンパク質として古くから研究されているコンカナバリンAと単糖との相互作用を表面プラスモン共鳴センサーBIACOREを用いて精密に測定する手法を開発し、その結果、タンパク質が単糖分子のどの置換基をどの程度の強度で認識しているかという定量的な扱いが可能となった。この手法を用いて、従来は分離することができなかったために測定することができなかった還元性単糖のアノマーの動的な混合物においてそれぞれの固有の結合力を計測することに成功し、従来はα型が強く結合すると考えられてきたが、β型のほうが結合が強いことを見いだした。さらに、分子の動的な立体構造の解析を行うために分子力学計算プログラムを開発し、そのモンテカルロ法を用いたグローバルミニマム探索能力についてカオスプロットを利用することによって検定する試みを行った。この検定をもとに探索能力の向上を実現し、既存のプログラムよりもより高い網羅的探索能力を有するプログラムを開発することに成功した。その結果、テルペノイドのようにリジッドな構造を有する天然物や合成医薬品化合物に適したコンフォメーション解析手法を開発した。得られた網羅的探索コンフォメーションについてパーコレーション統計による確率的解析手法を開発し、分子間の相互作用について、従来のモレキュラーダイナミクスとは異なるコンフォメーション変化の時系列マップの作成に成功し、分子認識と構造の柔軟性との統合的な解析の可能性が大きく開かれた。

The method of precise determination of carbohydrate in the study of carbohydrate quality and sugar interaction was developed, the results were obtained, the intensity of substitution of carbohydrate molecules in the study was determined, and the quantitative results were obtained. This method is used to measure the inherent binding force of the α-type and β-type mixtures. In addition, the analysis of the three-dimensional structure of molecular dynamics is carried out. The molecular mechanics calculation method is developed and used in the exploration of the ability to determine the molecular mechanics. The discovery of this set of capabilities has been successfully implemented, and the discovery of existing capabilities has been successfully developed. As a result, a method for the analysis of natural synthetic pharmaceutical compounds has been developed. The analytical method of statistical accuracy is developed, the interaction between molecules is developed, and the analytical possibility of molecular understanding and structural flexibility is greatly developed.