放線菌の線状ゲノムの末端タンパクの解析

放线菌线性基因组末端蛋白分析

• 批准号: 02J09613
• 负责人: 山崎 雅之
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: Hiroshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-02J09613/
• 关键词: 放線菌; 線状プラスミド; 線状染色体; 末端タンパク; Terminal protein; Terminal inverted repeats; 末端複製; Recombinal DNA repair; パルスフィールドゲル電気泳動; 線状ゲノム; 末端DNA複製; TOF-MASS

放線菌は線状ゲノムをもち、そのDNA5'末端にタンパクが結合している。この末端タンパクは線状ゲノムの維持や末端DNAの複製・修復に重要であると考えられている。そこで本研究では、放線菌の末端タンパクを同定及び解析し、線状ゲノムの維持や末端DNAの複製・修復機構などの理解を目指した。放線菌において末端タンパクは単離・精製が非常に困難である。現在までにde novo protein sequencingによって解析された例は、唯一、最近になってStreptomyces rocheiのもつプラスミドpSLA2-Sのみである。S.coelicolor A3(2)のもつプラスミドSCP1は356kbあるが、その大きさ故大量回収が困難である。そこで、両末端にSCP1DNA末端断片をもつ7.9kbの線状プラスミドを人為的に作成した。このプラスミドはS.coelicolor A3(2)内で線状で存在するが、中央に位置する複製開始点が環状プラスミド由来だったため非常に不安定であり、細胞内で多コピーで存在しにくかったり、すぐに環状化してしまった。そのため、この人為的なプラスミドから末端タンパクを回収することはできなかった。そこでパルスフィールド電気泳動によってインタクトのSCP1を末端DNAと末端タンパクが結合したままの状態で大量に回収した。このDNA-protein complexからBenzonasesによってDNAを除き、SDS-PAGEによって末端タンパクと予想されるタンパクを回収し、TOF-Massで解析を試みたが、サンプル量の問題から同定には至らなかった。

The strain has a linear shape, and the DNA5'end is connected to the middle. It is important to maintain the terminal DNA replication and repair. This study aims to identify and analyze the terminal DNA of actinomycetes, and to understand the replication and repair mechanisms of the terminal DNA of actinomycetes It is very difficult to release the bacteria at the end of the line. Now we have a novel protein sequencing analysis. We have a unique, recent analysis of Streptomyces rochei. S. coololor A3(2) SCP1 A 7.9kb linear fragment of SCP 1 DNA was artificially created. A linear pattern exists in the center of S.coelicolor A3(2), and a circular pattern exists in the center of S. coelicolor A3. This is the first time that I've ever seen a person who's been in a relationship with someone else. A large amount of DNA was found in the terminal DNA and terminal DNA of SCP1 in the electrophoresis. DNA-protein complex analysis of Benzonases, SDS-PAGE, TOF-Mass analysis of DNA, SDS-PAGE, TOF-Mass analysis of DNA

项目成果

Kohei Goshi: "Coloning and analysis of the telomere and terminal inverted repeat of linear chromosome of Streptomyces griseus"Journal of bacteriology. 184. 3411-3415 (2002)

Kohei Goshi：“灰色链霉菌线性染色体端粒和末端倒转重复序列的克隆和分析”细菌学杂志。

Masayuki Yamasaki: "Limited regions of homology between linear and circular plasmids encoding Methylenomycin biosynthesis in two independently isolated streptomycetes"microbiology. 149(in press). (2003)

Masayuki Yamasaki：“在两种独立分离的链霉菌中编码甲霉素生物合成的线性和环状质粒之间的同源性有限区域”微生物学。

Masayuki Yamasaki: "Limited regions of homology between linear and circular plasmids encoding methylenomycin biosynthesis in two independently isolated streptomyces."Microbiology. 149・5. 1351-1356 (2003)

Masayuki Yamasaki：“在两种独立分离的链霉菌中编码亚甲霉素生物合成的线性和环状质粒之间的同源性有限。”微生物学149·5（2003）。

Kohei Goshi: "Cloning and Analysis of the Telomere and Terminal Inverted Repeat o f the Linear Chromosome of Streptomyces griseus."Journal of Bacteriology. 184・12. 3411-3415 (2002)

Kohei Goshi：“灰色链霉菌线性染色体端粒和末端倒转重复的克隆和分析”。细菌学杂志 184・12 3411-3415（2002）。

S.D.Bentley: "SCP1, a 356,023 base pair linear plasmid adapted to the ecology and developmental biology of its host, Streptomyces coelicolor A3(2)."Molecular Microbiology. (発表予定).

S.D. Bentley：“SCP1，一种 356,023 个碱基对的线性质粒，适应其宿主天蓝色链霉菌 A3(2) 的生态学和发育生物学。”分子微生物学（待出版）。