RNA-蛋白質相互作用の系統的解析

RNA-蛋白质相互作用的系统分析

• 批准号: 02J61427
• 负责人: 三浦 史仁
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: The University of Tokyo (2004)Kanazawa University (2002-2003)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-02J61427/
• 关键词: 一般化アダプター付加競合PCR; 絶対定量; トランスクリプトーム; ポリソーム; βガラクトシダーゼ; 完全長cDNAライブラリ; 出芽酵母; RPL25; GATC-PCR

1、翻訳状態のモニタリングに関する検討結果昨年度、アフィニティ精製したポリソームRNAとトータルRNA間でGATC-PCRによる定量比較解析を行った結果、遺伝子毎に様々なポリソームRNA/トータルRNAのシグナル強度比が得られた。本年度は、遺伝子のプロモータ配列を大腸菌のβガラクトシダーゼと融合する系統的手法を開発し、それぞれのプロモータ配列の転写活性と翻訳活性を併せた総合的な活性をβガラクトシダーゼの活性として測定する一方、それぞれの遺伝子に関してmRNAの発現量をGATC-PCRによって測定するという作業を行った。βガラクトシダーゼ活性からmRNAの絶対量を差し引いた値は翻訳の効率を指し示すもうひとつの指標になりうると考えたが、これらの値とポリソームRNA/トータルRNAのシグナル強度比の間には有効な相関は見られなかった。2、転写開始点の決定に関する成果出芽酵母はゲノム構造情報とは対照的にcDNA構造情報は乏しく、一部の遺伝子以外では転写開始点に関する知識が乏しい。そこで、GATC-PCRの開発過程で確立された遺伝子特異的プライマー設計アルゴリズムを転写開始点を捉えためのRACE法のプライマー設計に応用し、系統的転写開始点決定を試みてきた。既に20を超える遺伝子に関して転写開始点を決定し終えている。一方で、より効率的な転写開始点同定のため、出芽酵母の完全長cDNAライブラリを作製した。理化学研究所ゲノム科学総合研究センターの協力を得て、既に3万クローン以上のワンパスシーケンシングを終えており、1000を超える遺伝子に関して転写開始点の情報を蓄積することが出来た。この成果は、出芽酵母における転写開始点のデータベースの規模としては世界に類を見ないものであり、RNA-蛋白質間相互作用を研究するコミュニティーのみならず、他分野にわたって有効な情報を提供するものと考えられる。

1. The results of quantitative comparison analysis of GATC-PCR between different RNA and different RNA were obtained by comparing the results of different RNA and different RNA. This year, a systematic method for the detection of gene expression in E. coli was developed, and a method for the detection of gene expression in E. coli by GATC-PCR was carried out. The difference between the absolute amount of β-RNA and the activity of β-mRNA is related to the efficiency of β-mRNA. 2. The budding yeast lacks information about the structure of the genome and the corresponding cDNA structure, and some of the genes lack knowledge about the writing start point. The development process of GATC-PCR is to establish the start point of the gene specific design and to determine the start point of the system. 20 minutes to the end of the day. The starting point of the cDNA sequence is the same as that of the budding yeast. The Institute of Physical Science and Chemistry has been working together to collect information on the start point of writing for more than 30,000 years. The results of this study include the study of RNA-protein interactions in the world, the study of budding yeast, the study of the origin of budding yeast, and the study of RNA-protein interactions in the world.