食品衛生管理のための低温性Pseudomonasの迅速同定

快速鉴定耐冷假单胞菌用于食品卫生控制

• 批准号: 14760089
• 负责人: 内野 昌孝
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Tokyo University of Agriculture
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14760089/
• 关键词: Pseudomonas; 畜肉; 分離; 同定; 低温; 簡易同定; DNA類似度; デンドログラム; 迅速

本研究では畜肉より低温性Pseudomonas属細菌を分離し、表現性状、化学分類学的性状、DNA類似度、16S rDNA塩基配列に基づく系統関係から正確で迅速な同定法の確立を行った。昨年度は畜肉より菌株を分離し、代表株を57株選択した。これらに対する系統解析の結果、すべてPseudomonas属に属していた。次に、代表株および基準株について約140項目の表現性質を調べた。この結果からInforBIOにてデンドログラムを作成した。その結果、20のフェノンが形成され、多くの分離菌株がP.fluorescensのフェノンに属していた。本年度はこの分離株に対してDNA類似度の点から考察を行った。57株およびPseudomonas属細菌各種の基準株から常法に従い、DNA抽出および精製を行った。次に、各分離株が所属するフェノンに含まれる基準株をプローブとしてDNA-DNAハイブリダイゼーションを行った。その結果、P.fluorescensのフェノンに所属する分離株はP.fluorescensの基準株に対してDNA類似度が種の基準とされる70%は超えていないものの、30%〜65%の値であった。さらに、この基準株に対する類似度が約30%の株をいくつか選択し、さらにDNA-DNAハイブリダイゼーションを行ったところ、先の結果と同様に30〜60%の値であった。また、他のフェノンに含まれた分離株は同じフェノンに所属する基準株と高いDNA類似度を示した。以上より、P.fluorescensのフェノンに所属する菌株はDNA類似度が70%を超えないものの近縁であり、他のフェノンはDNA類似度の点からもそれぞれ独立していることが明らかとなった。DNA類似度と表現性状の関連性がみられたため、InforBIOにて各グループの分別性状を決定した。その結果、15項目の試験で同定が可能であった。

In this study, the isolation, phenotypic characteristics, chemotaxonomic characteristics, DNA similarity, 16S rDNA gene alignment, phylogenetic relationship and rapid identification of Pseudomonas were established. 57 representative strains were isolated in the past year. The results of system analysis show that Pseudomonas species belong to different species. About 140 items of performance properties were adjusted on behalf of the benchmark plant. The result was that the InforBIO database was completed. As a result, 20 strains of P. fluorescens were isolated and the results showed that P. fluorescens was isolated from P. fluorescens. This year, the DNA similarity of these isolates was investigated. 57 strains of Pseudomonas bacteria, various reference strains, DNA extraction and purification Each isolate belongs to a reference strain. The results showed that P. fluorescens isolates were 70% higher than those of P. fluorescens reference strains in DNA similarity, 30%~ 65%. The similarity between the two reference strains is about 30%, and the similarity between the two DNA-DNA strains is about 30 ~ 60%. DNA similarity of the reference strain to which the isolate belongs is shown. The DNA similarity of the strains to which the above P. fluorescens belongs is 70%. DNA similarity determines the relationship between performance traits and individual traits. The results of the 15-item test are the same as those of the test.

项目成果

内野昌孝, 大須田麻紀子, 高野克己, 内村泰, 駒形和男: "純水中に長期間生残したPseudomonas属細菌の性状維持について"日本食品保蔵科学会. 28巻6号. 323-329 (2002)

Masataka Uchino、Makiko Osuda、Katsumi Takano、Yasushi Uchimura、Kazuo Komagata：“保持在纯水中长时间存活的假单胞菌的特性”日本食品保存科学学会，第 28 期，第 6 卷，323-329。 (2002))