オオムギの統合的・革新的ゲノム機能解析

大麦的集成和创新基因组功能分析

基本信息

批准号：
03F00111
负责人：
遠藤隆
金额：
$ 0.38万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2005
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-03F00111/
关键词：
オオムギコムギ染色体地図 EST RHマッピング染色体断片系統

项目摘要

本研究は、コムギのオオムギ染色体断片系統とRHマッピング(radiation hybrid mapping)の手法を用いて、日本国内外で開発されているESTデータベースから得られるESTマーカーの物理的染色体地図を作成しようとするものである。この目的のために、本年度は、当初、オオムギ5H染色体の断片を有するパンコムギ系統のGISH (genomic in situ hybridization)法による二次選抜と系統確立までを目指したが、ESTデータの整備が急務であることが判明したので、以下のようにESTデータベースの整備を優先した研究を行った。1.GISHにより選抜された(一次選抜)構造変異5H染色体を有するパンコムギ約150系統の自家受精種子を得た。2.岡山大学資源生物科学研究所で開発されたESTマーカーの内、PCRによりオオムギでは増幅するがパンコムギでは増幅しない約1400のESTについて、岡山大学からPCRプライマーを分譲していただいた。3.これらのプライマーを用いてオオムギ染色体添加系統の全てについてPCR分析を行い、約700のESTについて、座乗するオオムギの染色体を確定することに成功した。5H染色体には108のESTマーカーが座乗していた。4.座乗染色体が決定したESTのマッピングと解析を行う前に、オオムギ380,000ESTデータベースを解析し、ESTクラスタリングを行い、ESTの重複を除いた。この作業には、京都大学化学研究所のスーパーコンピュータを利用させていただいた。5.このESTクラスタリングの後、現在、これらを各種の代謝経路に当てはめる研究を遂行中である。これにより特定の代謝経路に関与する遺伝子(EST)が物理的に染色体上配置されているかが明かになることが期待される。

这项研究试图创建从日本和国外开发的EST标记物的物理染色体图，使用小麦和RH映射技术的大麦染色体碎片谱系。为此，今年，我们最初针对第二个选择并使用GISH（基因组中的基因组杂交）方法，用于面包小麦菌株，伴随着大麦5H染色体碎片的碎片，但是由于已经发现，EST数据的准备是紧急的，我们在研究中进行了研究，并在conteral inter inters进行了研究：1.。由Gish选择（主要选择）。 2.在冈山大学资源与生物科学研究所开发的EST标记中，冈马大学已将PCR底漆移交给了大约1,400个EST，这些EST在大麦中被放大，但没有在面包小麦中进行放大。 3。使用这些引物，对所有大麦染色体饰线的线进行了PCR分析，并且在大约700个EST上，我们成功地证实了大麦坐姿的染色体。 5H染色体上有108个EST标记。 4。在对基因座染色体确定的EST映射和分析之前，分析了大麦380,000个EST数据库，进行了EST聚类以消除EST重复。这项工作是使用京都大学化学研究所的超级计算机完成的。 5。在此EST聚类之后，我们目前正在进行研究，将这些研究应用于各种代谢途径。这有望揭示参与特定代谢途径的基因（EST）是否物理位于染色体上。