種・系統特異的なmiRNA・snoRNAと標的遺伝子のゲノム進化・機能進化の解析

物种/品系特异性 miRNA/snoRNA 和靶基因的基因组和功能进化分析

• 批准号: 05J00046
• 负责人: 大西 啓介
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: National Institute of Informatics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05J00046/
• 关键词: miRNA; non-coding RNA; snoRNAクラスター; 遺伝子クラスター; 比較ゲノム解析; 比較解析

ヒトとげっ歯類の比較ゲノム解析から、本領域内にはヒトにあるがげっ歯類にはないmiRNAが7つ存在することが明らかとなった。これらにデータベースに登録されているヒトの既知miRNA中のものを加えた、種・系統特異的なmiRNAの進化および機能、さらにnon-coding RNA(ncRNA)複合領域内のsnoRNAクラスターの機能を明らかにするため、以下を目的とし研究を行った。・既知miRNA中で種・系統特異的な進化を果たしたものの機能を明らかにする。・miRNAおよびsnoRNAクラスターの標的遺伝子を予測し、標的との相互作用の様式を明らかにする。さらに種・系統特異的なメンバーに関し、標的や下流遺伝子に対する機能を解析する。・配列決定および比較ゲノム解析により、既知miRNAおよびncRNA複合領域と、標的遺伝子との共進化の様式を明らかにする。19年度は、より詳細に標的遺伝子の予測をおこなった。具体的には、それぞれのメンバーに対する標的の予測をより高精度におこなった。その結果、本miRNAクラスターの標的としてHox protocadherinなどの遺伝子クラスターが検出された。それに加え、単一の遺伝子を複数のメンバーが標的している例が多数検出された。このことから、本miRNAクラスターは、従来考えていた相互作用のモデルだけではなく、より複雑な相互作用の様式を示し、プロテオームの多様性に大きな影響を与えていることが示唆された。

A comparison of miRNA and miRNA in this field shows that miRNA is not present. The following are the objectives of this study: to investigate the evolution and function of known miRNAs in the domain of non-coding RNA (ncRNA) complexes, to investigate the evolution and function of species-specific miRNAs in the domain of non-coding RNA (ncRNA) complexes. The species-specific evolution of miRNAs is known to have resulted in the development of their functions. miRNA and snoRNA target gene prediction, target interaction model The analysis of the function of the target stream is based on the species-specific information. Sequence determination and comparison are required for analysis, known miRNA and ncRNA complex domains, target vectors, and co-evolution. 19 years ago, the detailed information of the target was estimated. The accuracy of the prediction of the target is high. As a result, this miRNA is identified by Hox protocadherin. For example, if you want to add more information, you can add more information. This miRNA has a wide variety of interactions, including: