DNA塩基配列からのtRNA遺伝子の検出

从 DNA 碱基序列检测 tRNA 基因

• 批准号: 16700272
• 负责人: 木ノ内 誠
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Yamagata University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16700272/
• 关键词: tRNA遺伝子; DNA塩基配列; クローバー葉2次構造; イントロン

DNA配列決定技術の進歩により,驚異的な速度で生物の全ゲノム配列が解明されつつある.tRNAは遺伝子が発現する際に,翻訳においてmRNAとアミノ酸を結びつける重要な役割を担っている.tRNAの組成は遺伝子の発現量と大きな相関があることが知られている.したがって,生物が持つ全tRNAを知ることは,遺伝子発現の解明に大きな手がかりを与える.一方,タンパク質として発現するmRNA遺伝子と比較して,直接的な需要の少なさから,tRNA遺伝子の「実験的な」検出は遅れている.DNA配列情報からtRNA遺伝子を「情報的に」検出できれば,実験を行なう際の大きな指標になる.また,DNA配列上でtRNA遺伝子は群をなしていることが多い.その並びには生物間での共通性が見られ,進化の過程や生物間のインタラクションに関する指標となりうる.このことからも全tRNA遺伝子の検出は非常に有用である.本研究ではDNA配列中から全てのtRNA遺伝子を見つけ出すことを目的とした.ほとんどのtRNAがクローバー葉2次構造を取ることが知られており,この共通構造を出発点として,tRNA遺伝子をDNA配列上から見つけ出す.そこで,4つのステムで塩基対が成立するか否かに基づき,クローバー葉2次構造を組めるDNAの部分配列を検出する方法を確立した.さらに,アンチコドンループ中にイントロンを含む場合にもクローバー葉2次構造を検出できるようにした.クローバー葉2次構造が組める(4つのステムで塩基対が成立する)からと言って,必ずしもtRNA遺伝子ではない.既知のtRNA遺伝子の配列を自己組織化マップ(SOM)によって分類し特徴抽出を行った.この特徴に基づき,様々な絞り込みの条件を付加した.本研究で開発した手法はDNA配列から「情報的に」tRNA遺伝子を検出する方法であり,絞り込みの条件は選択可能なまま残した.ウェブページ上に本手法のオンライン版を公開することによって,多くの方々に利用いただけるようにした.

DNA alignment determination technology advances at an amazing rate, and all organisms need to be aligned to understand the sequence. tRNA gene expression occurs at a time when the mRNA is inverted and the acid is isolated. tRNA composition is associated with the amount of tRNA gene expression. The whole tRNA of a living organism is known to be in the same state as the tRNA of a living organism, and the tRNA of a living organism is known to be in the same state. On the one hand, the mRNA gene expression is relatively simple and direct, and the tRNA gene expression is relatively simple.DNA sequence information is relatively simple and the tRNA gene expression is relatively simple. The DNA sequence of the tRNA gene is the same as that of the DNA sequence. The commonality between organisms can be seen, and the process of evolution and the relationship between organisms can be seen. This is a very useful way to get rid of tRNA. The purpose of this study is to discover all tRNA genes in DNA alignment. The second order structure of tRNA gene leaves is selected from the common structure of tRNA gene, and the common structure of tRNA gene is selected from DNA sequence. The method of DNA partial alignment was established. In this case, the second order structure of the leaf is detected. The second order structure of leaves is composed of four groups. It is known that tRNA sequences are self-organized (SOM), and the characteristics of SOM are extracted. The basic characteristics of the film are as follows: This study has developed a method for DNA alignment and tRNA gene expression. It's the first time I've ever seen a guy who's been in the game, and he's been in the game.