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塩基配列選択的DNAアルキル化剤の効率的な合成・探索法の開発

开发序列选择性 DNA 烷化剂的有效合成和搜索方法

基本信息

批准号：
16710157
负责人：
飯田博一
金额：
$ 2.43万
依托单位：
Chiba Institute of Science
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至 2005
项目状态：
已结题

项目摘要

DNA塩基配列選択的に結合する化合物を短時間に効率よく多数合成、アッセイする手法を確立することを目的として、平成16年度に本研究を開始し、まず非共有結合的にDNAに結合する化合物ピロール・イミダゾールポリアミドのコンビナトリアル合成を行った。また、DNAをアルキル化するanti-Bredt型化合物に着目し合成を行った。さらにanti-Bredt型化合物存在下でpUC18から調製した450bp DNAをtemplateとしたRNA合成を行ったところ、RNA合成が阻害されることを明らかとした。平成17年度においては、ピロール・イミダゾールポリアミドとDNAをアルキル化するanti-Bredt型化合物またはシクロプロパベンゾインドール(CBI)をカップリングさせ、そのDNAアルキル化効率と配列選択性を比較した。カップリング反応により得られたコンジュゲート(ポリアミド部分は混合体)とpUC18 DNAを反応させ、PCR反応の阻害度によりDNA結合効率(アルキル化効率)を検討したが、予想に反して、アルキル化部位の違いによるアルキル化効率には大きな差は見られなかった。一方、ポリアミド部分が混合体の状態で、DNAと反応し、その後加熱によりDNA切断を行い、DNAシーケンサーを用いて、アクリルアミドゲルによるアルキル化のDNA配列選択性の検討を行った結果、アルキル化部がCBIの場合、配列選択的なアルキル化を行う化合物が混合していることが明らかとなった。HPLCを用いて混合物を分け、それぞれをアルキル化実験したところ、Im-Im-Py-CBIという構造を持つ化合物が5'-G-G-T-A-3'という部位の3'-Aを配列選択的にアルキル化することを明らかとすることができた。コンビナトリアル法により合成された混合物から高い配列選択的DNAアルキル化能を有する化合物を選び出す手法を確立するという所期の研究目的は達成できたものと考えている。

Most of the compounds selected in the DNA-based column were synthesized, and most of the compounds were synthesized. The results showed that the purpose of the synthesis was established, and that the DNA compounds that were not jointly combined at the beginning of this study in Pingcheng in the 16th year were successfully synthesized. The compounds of anti- Bredt type were synthesized with the aim of synthesizing them. In the presence of anti- Bredt type compounds, such as pUC18, 450bp DNA, template, RNA synthesis, RNA synthesis, hindrance, hindrance, and clearness. In the 17th year of Pingcheng, there was an increase in the number of compounds in the anti- Bredt type (CBI). In the 17th year of Pingcheng, we chose to select the sex ratio in the columns of the anti- Bredt compound (CBI), the rate of conversion, and the rate of conversion. In order to improve the quality of the product, we need to know that the combination rate of pUC18 DNA and PCR is different from that of the mixture. The combination rate of DNA is different from that of the mixture. The combination rate of DNA is different from that of the mixture. One party, one part of the hybrid status, DNA reverse, after the addition of the DNA cut off the line, the DNA has been used, the configuration of the DNA has been selected, the results of the DNA configuration have been selected, and the results have been verified by the CBI configuration. Assign the selected chemical compounds to the mixture of compounds that are known to be known. HPLC uses a mixture of chemicals, a mixture of chemicals, and an Im-Im-Py-CBI to make a compound, a mixture, a mixture, a mixture, The purpose of the study is to synthesize the mixture by using the method to synthesize the mixture. The DNA chemical energy of the selected compound is available.