塩基配列選択的DNAアルキル化剤の効率的な合成・探索法の開発

点击翻译按钮获取中文摘要

DNA塩基配列選択的に結合する化合物を短時間に効率よく多数合成、アッセイする手法を確立することを目的として、平成16年度に本研究を開始し、まず非共有結合的にDNAに結合する化合物ピロール・イミダゾールポリアミドのコンビナトリアル合成を行った。また、DNAをアルキル化するanti-Bredt型化合物に着目し合成を行った。さらにanti-Bredt型化合物存在下でpUC18から調製した450bp DNAをtemplateとしたRNA合成を行ったところ、RNA合成が阻害されることを明らかとした。平成17年度においては、ピロール・イミダゾールポリアミドとDNAをアルキル化するanti-Bredt型化合物またはシクロプロパベンゾインドール(CBI)をカップリングさせ、そのDNAアルキル化効率と配列選択性を比較した。カップリング反応により得られたコンジュゲート(ポリアミド部分は混合体)とpUC18 DNAを反応させ、PCR反応の阻害度によりDNA結合効率(アルキル化効率)を検討したが、予想に反して、アルキル化部位の違いによるアルキル化効率には大きな差は見られなかった。一方、ポリアミド部分が混合体の状態で、DNAと反応し、その後加熱によりDNA切断を行い、DNAシーケンサーを用いて、アクリルアミドゲルによるアルキル化のDNA配列選択性の検討を行った結果、アルキル化部がCBIの場合、配列選択的なアルキル化を行う化合物が混合していることが明らかとなった。HPLCを用いて混合物を分け、それぞれをアルキル化実験したところ、Im-Im-Py-CBIという構造を持つ化合物が5'-G-G-T-A-3'という部位の3'-Aを配列選択的にアルキル化することを明らかとすることができた。コンビナトリアル法により合成された混合物から高い配列選択的DNAアルキル化能を有する化合物を選び出す手法を確立するという所期の研究目的は達成できたものと考えている。