脊椎動物ゲノムにおける嗅覚受容体多重遺伝子族の分子進化

脊椎动物基因组中嗅觉受体多基因家族的分子进化

• 批准号: 17710162
• 负责人: 新村 芳人
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17710162/
• 关键词: 嗅覚受容体; 多重遺伝子族; 比較ゲノム; 分子系統樹; 化学受容; 哺乳類進化; バイオインフォマティクス; データベース; 分子進化; ゲノム; 脊椎動物; 系統樹; G蛋白質共役型受容体

哺乳類における嗅覚受容体(OR)多重遺伝子族の進化のダイナミクスを知るために、カモノハシ・オポッサム・ウシ・イヌ・ラット・マカクザル・チンパンジーのドラフトゲノム配列から全OR遺伝子を同定し、以前同定したヒト・マウスのOR遺伝子と共に分子進化解析を行った。遺伝子の系統樹をもとに、進化過程における遺伝子数の増減を推定する統計的手法を開発し、この手法をOR遺伝子に適用した。その結果、(1)単孔類・有袋類との分岐後に、有胎盤類の系統でOR遺伝子数の爆発的増加が起きたこと、および(2)哺乳類の異なる目に至る各系統で、数百もの遺伝子消失・獲得が起きたことが明らかになった。(2)は、哺乳類の異なる目の間で、OR遺伝子数の総数は類似している(約1,000)ものの、そのレパートリーは大きく異なることを示している。本成果はPLoS ONE誌に掲載された。また、ハーバード大学の郷康広研究員と共同で、マカクザル・チンパンジー・ヒトの間でのOR遺伝子の詳細な比較解析を行った。従来言われていた説とは異なり、ヒト・チンパンジー間では偽遺伝子化の傾向にほとんど差がないことを明らかにした。しかし一方で、ヒトとチンパンジーではオーソロガスな機能遺伝子が75%しか保存されておらず、OR機能遺伝子のレパートリーが大きく異なっていることも明らかになった。本成果は、現在Molecular Biology and Evolution誌に投稿中である。更に、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアムと共同で、ヒトOR遺伝子のデータベースを作成し、ウェブ上で公開した。また、化学受容体の分子進化に関していくつかのレビューを執筆するとともに、Henry Stewart Talksシリーズで英語ナレーション付きオーディオ教材を製作した。以上の成果は、国内・海外の学会やシンポジウムで報告した。

In mammalian animals, there are multiple subfamilies of capacitive bodies (OR). Do not know how to do this, do not know how to do it, and do not know how to do it. In the same way, they are assigned to the full OR sub-family, which is the same as that in the previous one. The methods of statistical analysis and OR statistical analysis are used to determine the number of statistical data in the whole process. The results of the experiment are as follows: (1) after the classification of taxa and bags, the number of babies in the fetal OR system has exploded, and (2) the target of mammalian disease has reached the level of each system, and hundreds of babies have disappeared. (2) the number of children in mammals and mammals is similar to that in OR (about 1000). The number of children in mammals is similar to that in mammals and mammals. The result of this paper is "PLoS ONE". The research staff of the university

项目成果

Evolutionary dynamics of olfactory receptor genes in fishes and tetrapods

• DOI: 10.1073/pnas.0501922102
• 发表时间: 2005-04-26
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Niimura, Y;Nei, M
• 通讯作者: Nei, M

脊椎動物嗅覚受容体遺伝子族の起源と進化

脊椎动物嗅觉受体基因家族的起源和进化

• 发表时间: 2007
• 作者: Niimura;Y.;新村芳人
• 通讯作者: 新村芳人

Encyclopedia of Life Sciences

• DOI: 10.5260/chara.13.3.19
• 发表时间: 2012
• 期刊: The Charleston Advisor
• 作者: S. Kendall

Extensive gains and losses of olfactory receptor genes in mammalian evolution.

• DOI: 10.1371/journal.pone.0000708
• 发表时间: 2007-08-08
• 期刊: PLOS ONE
• 影响因子: 3.7
• 作者: Niimura, Yoshihito;Nei, Masatoshi
• 通讯作者: Nei, Masatoshi

The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts

• DOI: 10.1093/nar/gkm999
• 发表时间: 2008-01-01
• 期刊: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
• 影响因子: 14.9
• 作者: Yamasaki, Chisato;Murakami, Katsuhiko;Gojobori, Takashi
• 通讯作者: Gojobori, Takashi