Development of fast multipole reaction field methods for accurate simulations of super biomolecules

开发用于精确模拟超级生物分子的快速多极反应场方法

• 批准号: 18500226
• 负责人: AMISAKI Takashi
• 金额: $ 2.82万
• 依托单位: Tottori University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18500226/
• 关键词: コンピュータシミュレーション; 分子動力学; 分子動力学計算; 生体超分子系; 周期境界条件; 高速多重極法; 反作用場法

コンピュータ上での分子シミュレーションは、生命現象の分子レベルでの研究において、ひとつの科学実験の手段として認識されつつある。生理現象の根幹的役割を担う分子機械は、蛋白質や生体膜の集合体である。このため、現在主流の計算法では、周期的境界条件に起因するアーチファクトの悪影響が危惧される。本研究では、遠くの領域を平均化して三次元の繰り返しによる影響を排除した計算方法を考案し、実際の生体分子に対して適用した。

The molecular structure of life phenomena is studied by scientific means. Physiological phenomenon of the root stem of the work of molecular machinery, protein and biological membrane assembly. The calculation method of the current main stream is to determine the cause of the periodic boundary condition and to determine the influence of the periodic boundary condition. In this study, the influence of three-dimensional averaging on the field of biology was eliminated. The calculation method was applied to the study of biological molecules.

项目成果

Implementation and Evaluation of Multiple GridRPC Services for Molecular Dynamics Simulations of Proteins

• DOI: 10.2197/ipsjdc.2.573
• 发表时间: 2006-09
• 期刊: Ipsj Digital Courier
• 作者: T. Amisaki;S. Fujiwara

Molecular dynamics study of conformational changes in human serum albumin by binding of fatty acids

• DOI: 10.1002/prot.21053
• 发表时间: 2006-08-15
• 期刊: PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
• 影响因子: 2.9
• 作者: Fujiwara, Shin-ichi;Amisaki, Takashi
• 通讯作者: Amisaki, Takashi