構造解析に基づくLINE型レトロトランスポゾンの転移機構の解明

基于结构分析阐明LINE型反转录转座子转座机制

• 批准号: 18770090
• 负责人: 真板 宣夫
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: The University of Tokushima (2007)Kyushu University (2006)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18770090/
• 关键词: レトロトランスポゾン; X線結晶構造解析

前年度の結果に基づき、カイコ由来のLINEであるSART1のORF2pのC末のZnフィンガードメインを削ったもの(ΔC)の精製を進めた。タンパク質からの核酸の除去はうまくいったものの、十分な量が取れないこととアグリゲーションを起こしやすいことから、結晶化や限定分解によるドメインマッピングなど当初予定していた解析に持ち込むことは困難であった。そのほかに、C末のZnフィンガードメインのみの発現系も構築し精製を試みたが、発現レベル自体が非常に低かった。次にLINE型レトロトランスポゾンの標的配列特異性を明らかにするために、カイコ由来のTRAS1のORF2pN末に存在するエンドヌクレアーゼドメインと標的DNAとの複合体の結晶化を試みた。前年度までに2,8Åのデータが得られていたが、DNA分子は確認できなかった。両端にG:C配列を入れてDNAの安定性を高める工夫を行ったところ、最大2.0Åまで分解能が向上した。高分解能データのおかげでDNAの電子密度が認められたが、占有率が低いためDNA分子をモデリングするのは困難であった。DNA一分子にタンパク質二分子結合しており、予想外の相互作用であった。DNAの占有率を高めるため、タンパク質のディスオーダー領域を削ってみたが改善されなかった。更なるDNA配列の工夫を要すると思われる。LINE型レトロトランスポゾンであるR1Bmのエンドヌクレアーゼドメインについては、構造および機能解析のデータをまとめ、6月に核酸専門国際誌に論文が掲載された。R1Bmについても同様に標的DNAとの複合体結晶化を試みたが成功しなかったので、浸潤法による複合体結晶に向けてDNAのデザインを進めている。

The results of the previous year were based on the analysis of ORF2p of SART1 and the refinement of (ΔC). The nucleic acid of the sample is removed from the sample by the method of crystallization, and the sample is analyzed by the method of crystallization. In the middle of the sky, the discovery system of the Znンーインis carefully constructed and refined, and the discovery itself is very low. Sequence Specificity of the Target DNA of the Second Line Type Transcribed DNA Sequence Specificity of the Target DNA Sequence Specificity of the Second Line Type Transcribed DNA Sequence Specificity of the Third Line Type Transcribed DNA Sequence Speci In the previous year, 2,8 DNA molecules were identified. The G:C alignment of the terminal DNA is highly stable, and the maximum decomposition energy is 2.0%. With the high decomposition energy of DNA, the electron density of DNA is extremely high, the occupancy rate is low, and it is difficult to detect DNA molecules. DNA molecules are bound by two molecules, and they interact with each other. DNA share is high, and the quality of DNA is low. More time for DNA alignment. Line type, structure and function analysis of R1Bm are disclosed in the International Journal of Nucleic Acid in June R1Bm is a new method for DNA complex crystallization.

项目成果

Characterization of the sequence specificity of the RIBm endnuclease domain by structural and biochemical studies.

通过结构和生化研究表征 RIBm 核酸内切酶结构域的序列特异性。

• 发表时间: 2007
• 期刊: NucleicAcidsResearch 35
• 作者: Ueno;T.;et al.;海野昌喜;Shusuke Kusama;Masaki Unno;草間周介;齋藤正男;海野昌喜;海野昌喜;草間周介;海野昌喜;篠原正将;Masao Ikeda-Saito;Masaki Unno;Masaki Unno;Kei Wada;Toshihiro Okada;和田 啓;下村 喜充;Kei Wada;Keiichi Fukuyama;和田 啓;下村 喜充;NobuoMaita
• 通讯作者: NobuoMaita