同時制御下のmiRNAsによる協調的遺伝子抑制機構の検証

验证同时调控下miRNA协同基因抑制机制

• 批准号: 07J09861
• 负责人: 藤田 修二
• 金额: $ 1.15万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07J09861/
• 关键词: 分子生物学; miR-21; miRNA; AP-1; 転写; フィードバック制御; プロモーター; バイオインフォマティクス; 生化学

昨年度Bioinformatics誌に発表したmiRNAプロモーターの予測に基づいて、miR-21に関して解析を進め、miR-21の標的遺伝子であるNFIBがmiR-21のプロモータに抑制的に結合し、その結果としてmiR-21遺伝子がNFIBを介してダブルネガティブフィードバック制御を受けていること示した。この成果はJournal of Molecular Biologyに掲載された。HL-60をPMAで刺激した際、miR-21とは独立にNFIBの転写が抑制されることを発見した。この刺激の際にmiR-21を阻害するとNFIBのmRNAは回復しないが、タンパク質は回復することが観察された。そのため、miR-21はPMA刺激におけるNFIBの減衰を加速させる効果があると考えられる。これは転写制御と転写後制御による遺伝子の多層制御が単にfail-safeシステムを構築するだけでなく、時間軸にも影響を与えることを示唆する。これはコンピュータシミュレーションの結果とも一致し、さらにシミュレーションからは転写と転写後で重複して抑制することは転写のみで重複して抑制するよりも効果的であることが示唆された。現在はHL-60をPMA刺激した経時変化サンプルをmiRNAとmRNAに対する両マイクロアレイにより解析し、情報学的解析によりmiRNAと標的mRNA量の特徴的なパターンを抽出している。それらのパターンからmiRNAが効果的に機能するネットワーク回路を特定し、解析することを試みている。

Yesterday's annual Bioinformatics tzu に 発 table し た micrornas プ ロ モ ー タ ー の be に base on づ い て, miR - 21 に masato し て parsing を into め, miR - 21 の mark but 伝 で あ る NFIB が miR - 21 の プ ロ モ ー タ に に combined し, そ の results と し て miR - 21 heritage 伝 son が NFI B を interface し て ダ ブ ル ネ ガ テ ィ ブ フ ィ ー ド バ ッ ク suppression を by け て い る こ と shown し た. The <s:1> <s:1> results are published in the された Journal of Molecular Biologyに. HL - 60 を PMA で stimulus し た interstate, miR - 21 と は independent に NFIB の planning write が inhibit さ れ る こ と を 発 see し た. こ の stimulus の interstate に miR - 21 を resistance against す る と NFIB の mRNA は reply し な い が, タ ン パ ク qualitative は reply す る こ と が 観 examine さ れ た. The effects of そ ため ため and miR-21 <s:1> PMA in stimulating におけるNFIB <s:1> attenuation を and accelerating させる were があると investigated えられる. こ れ は planning write suppression と planning to write after the suppression に よ る posthumous son 伝 の multilayer suppression が 単 に fail - safe シ ス テ ム を build す る だ け で な く, timelines に も influence を and え る こ と を in stopping す る. こ れ は コ ン ピ ュ ー タ シ ミ ュ レ ー シ ョ ン の results と も consistent し, さ ら に シ ミ ュ レ ー シ ョ ン か ら は planning write と planning write で after repeated し て inhibit す る こ と は planning write の み で repeat し て inhibit す る よ り も unseen fruit で あ る こ と が in stopping さ れ た. Now は HL - 60 を PMA stimulation し た 経 variations change when サ ン プ ル を micrornas と mRNA に す seaborne る struck マ イ ク ロ ア レ イ に よ り し, informatics parse に よ り micrornas と target mRNA quantity of 徴 の な パ タ ー ン を spare し て い る. そ れ ら の パ タ ー ン か ら micrornas が unseen fruit に function す る ネ ッ ト ワ ー ク loop を specific し, parsing す る こ と を try み て い る.

项目成果

Putative promoter regions of miRNA genes involved in evolutionarily conserved regulatory systems among vertebrates

• DOI: 10.1093/bioinformatics/btm589
• 发表时间: 2008-02-01
• 期刊: BIOINFORMATICS
• 影响因子: 5.8
• 作者: Fujita, Shuji;Iba, Hideo
• 通讯作者: Iba, Hideo

miRNAの遺伝子制御ネットワーク

miRNA基因调控网络

• 发表时间: 2008
• 期刊: 蛋白質核酸酵素 53
• 作者: 藤田修二;伊庭英夫
• 通讯作者: 伊庭英夫

miR-21 gene expression triggered by AP-1 is sustained through a double-negative feedback mechanism

• DOI: 10.1016/j.jmb.2008.03.015
• 发表时间: 2008-05-02
• 期刊: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
• 影响因子: 5.6
• 作者: Fujita, Shuji;Ito, Taiji;Iba, Hlideo
• 通讯作者: Iba, Hlideo

miR-21と標的遺伝子の発現制御ネットワーク解析

miR-21和靶基因的表达控制网络分析

• 发表时间: 2008
• 作者: 倉谷 光央;吉川 由香;別所 義隆;東島 今日子;石井 健;柴田 理恵;高橋 征三;油谷 克英;横山 茂之;倉谷光央;Takeshi Haraguchi;Nobutake Yamamichi;Takeshi Haraguchi;Shuji Fujita
• 通讯作者: Shuji Fujita