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新規な蛋白質三次構造決定法の開発とアミロイド凝集体の毒性発現機構解明への応用

新型蛋白质三级结构测定方法的开发及其在阐明淀粉样蛋白聚集体毒性表达机制中的应用

基本信息

批准号：
18750003
负责人：
平松弘嗣
金额：
$ 2.37万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

遷移双極子相互作用によるカルボニル基の振動数シフトと分子構造の関係を明らかにすることを目的として、まずAla-AlaとAla^*-Ala(^*はカルボニル基に^<13>Cが含まれることを示す)の赤外スペクトルを比較し、遷移双極子相互作用が無い場合の^<12>C=Oおよび^<13>C=OアミドI振動数をそれぞれ1666cm-1,1626cm-1と決定した。これを再現するよう力の定数および換算質量の変化を求めた。次にβストランドおよび折り返し部分からなる配列^1KTWNPATGKWTE^12を用い、これらのうちT2,W3,P5,A6,T7,G8,W10,T11にそれぞれ^<13>C同位体ラベルした場合の赤外スペクトルを測定した。同位体置換により現れるスペクトルの変化は、置換残基がβストランドに含まれる場合と折り返し部分に含まれる場合で異なる結果が見られ、同位体置換の前後で差スペクトルを取ると、前者では〜1630cm-1に強度が大きく幅が狭い負のピークが現れること、後者では強度の比較的小さい複数の負のピークがアミドI領域全体に分布したパターンが現れること、がそれぞれわかった。遷移双極子相互作用を考慮した計算により、実測された差スペクトルの置換残基二次構造依存性は、二次構造ごとに振動モードが分離していること(カップリングが小さいこと)、および二次構造ごとに遷移双極子相互作用の仕方が異なること(振動数が異なること)に由来することが明らかになった。赤外スペクトルのアミドIバンドに現れる同位体置換効果から置換残基の二次構造を決定するための手がかりとして有用である。

The number of vibrations of the group in the case of the transfer dipole interaction is determined by the number of vibrations of the group in the case of the transfer dipole interaction, which is determined by the number of vibrations of the group in the case of the transfer dipole interaction, which is determined by the number of vibrations of the group in the case of the transfer dipole interaction.<13><12><13>The number of times the force is determined and the quality of the conversion is determined In addition, the β-isomer was determined in the case of the C isotope in T2, W3, P5, A6, T7, G8, W10, T11.<13>The changes in the nucleus that are present during an isotope substitution have different results when the substitution residue is included in the β-nucleus and when it is included in the folded portion. If the difference in nucleus is taken before and after the isotope substitution, the former has a strength of~1630 cm-1, a large width, and a narrow and negative width. The latter is a small number of negative points in the comparison of intensity. Transfer dipole interaction is considered in calculation, measurement and difference of displacement residues secondary structure dependence, secondary structure vibration and separation, secondary structure and origin of transfer dipole interaction. The secondary structure of the substitution residue is determined by the substitution of the isotope.