Development of statistical methodology for detecting factors of disease mechanism based on clinical omics data

开发基于临床组学数据检测疾病机制因素的统计方法

• 批准号: 19300100
• 负责人: MATSUURA Masaaki
• 金额: $ 12.15万
• 依托单位: Japanese Foundation For Cancer Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19300100/
• 关键词: 統計数学; ゲノム; マイクロアレイ; プロテオーム; 生体生命情報学; 統計数単; 遺伝子発現; オミックスデータ; 機械学習

マイクロアレイデータと臨床情報を用いて疾患のメカニズムに関連する候補遺伝子を探索するために、生物学的情報を加味した遺伝子評価法を開発し、複数の予測モデルを組み合わせた論理和予測モデルを用いて予測性能の検証も行った。また、各患者で50万箇所以上におよぶ一塩基多型(SNP)データに対して、特定の複数SNPを組合わせた場合にのみ、表現型と関連するSNPの組を探索するための高速な統計的手法の開発に成功し、特許申請を行っ

The clinical information is used to detect the correlation between the disease and the candidate gene. The biological information is used to detect the candidate gene. The multiple prediction gene is used to detect the candidate gene. 500,000 SNPs per patient, so the number of SNPs in each patient is less than one SNP, and the number of SNPs in each patient is more than one SNP.

项目成果

Identification of the Molecular Mechanisms for Dedifferentiation at the Invasion Front of Colorectal Cancer by a Gene Expression Analysis

• DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-08-0370
• 发表时间: 2008-11
• 期刊: Clinical Cancer Research
• 影响因子: 11.5
• 作者: Y. Oku;Takashi Shimoji;K. Takifuji;T. Hotta;S. Yokoyama;K. Matsuda;Takashi Higashiguchi;Toshiji Tominaga;T. Nasu;Koichi Tamura;Masaaki Matsuura;Satoshi Miyata;Yo Kato;Hiroki Yamaue;Yoshio Miki

DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用の実際-基礎・最新技術、臨床・創薬応用への実際から今後の展開・問題まで-(遺伝子医学MOOK10号)

DNA芯片/微阵列的实际临床应用 - 从基础知识和最新技术，到临床和药物发现应用，到未来的发展和问题 - （基因医学MOOK第10期）

• 发表时间: 2008
• 作者: 牛嶋 大;宮田 敏;松浦正明
• 通讯作者: 松浦正明

Inference on biological mechanisms using an integrated phenotype prediction model.

使用集成表型预测模型推断生物机制。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Hiroshima Journal of Medical Sciences 57
• 作者: Enomoto;Y. Ushijima;M. Miyata;S;Matsuura. M. and Ohtaki;M.
• 通讯作者: M.

Genome-wide survey of genetic polymorphisms associated with cytotoxicity of paclitaxel using HapMap cell lines derived from Japanese population

使用来自日本人群的 HapMap 细胞系对与紫杉醇细胞毒性相关的遗传多态性进行全基因组调查

• 发表时间: 2008
• 作者: Isomura M;Matsuura M;Usijima M;Miyata S.;et al
• 通讯作者: et al

質量分析計データを用いた判別解析とバイオマーカー探索

使用质谱仪数据进行判别分析和生物标志物搜索

• 发表时间: 2007
• 作者: 牛嶋大;宮田敏;松浦正明.
• 通讯作者: 松浦正明.