Three-dimensional structural similarity search of proteins based on Geometrical Fragment Spectra

基于几何碎片谱的蛋白质三维结构相似性搜索

• 批准号: 19700139
• 负责人: KATO Hiroaki
• 金额: $ 2.43万
• 依托单位: Toyohashi University of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19700139/
• 关键词: 分子構造情報処理; 三次元構造類似性; 構造活性相関; 生体生命情報学; タンパク質モチーフ; 化学グラフ; 構造データマイニング; タンパク質構造分類; タンパク質; GFS

In the present work, to describe 3D structural feature of a molecule, Geometrical Fragment Spectra (GFS) method has been proposed. Based on the GFS representation, structure similarity search was carried out for odorant molecules. As a result, the authors successfully found the molecules that have similar odor but quite different topological structure with a query molecule. We also tried to apply the method to structure similarity searching for proteins using a reduced representation of protein structures. The results show that the present approach is quite useful for 3D structural data mining for proteins.

在目前的工作中，为了描述分子的3D结构特征，提出了几何碎片谱（GFS）方法。基于GFS表示，对气味分子进行结构相似性搜索。结果，作者成功找到了与查询分子具有相似气味但拓扑结构截然不同的分子。我们还尝试将该方法应用于使用蛋白质结构的简化表示来搜索蛋白质的结构相似性。结果表明，本方法对于蛋白质的 3D 结构数据挖掘非常有用。

项目成果

SCOPドメインパターンに基づくタンパク質四次構造の自動分類に関する研究

基于SCOP结构域模式的蛋白质四级结构自动分类研究

• 发表时间: 2008
• 作者: 小川裕行;加藤博明
• 通讯作者: 加藤博明

Three-dimensional structural data mining based on Geometrical Fragment Spectra

基于几何碎片谱的三维结构数据挖掘

• 发表时间: 2008
• 作者: Hiroaki Kato;Shigeru Yoshida;Yoshimasa Takahashi
• 通讯作者: Yoshimasa Takahashi

重心からの距離情報に基づく分子の三次元構造特徴解析

基于重心距离信息的分子三维结构特征分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 中谷光裕;加藤博明
• 通讯作者: 加藤博明

Structural feature analysis of transmembrane helices in human olfactory receptors

人类嗅觉受体跨膜螺旋的结构特征分析

• 发表时间: 2008
• 作者: Yuuji Kouga;Hiroaki Kato
• 通讯作者: Hiroaki Kato

ヒト匂い受容体の膜貫通ヘリックスの構造特徴解析

人类气味受体跨膜螺旋的结构表征

• 发表时间: 2008
• 作者: 甲賀裕二;加藤博明
• 通讯作者: 加藤博明