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Three-dimensional structural similarity search of proteins based on Geometrical Fragment Spectra

Three-dimensional structural similarity search of proteins based on Geometrical Fragment Spectra
基于几何碎片谱的蛋白质三维结构相似性搜索
批准号：
19700139
负责人：
KATO Hiroaki
金额：
$2.43万
依托单位：
Toyohashi University of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2009
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19700139/
关键词：
分子構造情報処理三次元構造類似性構造活性相関生体生命情報学タンパク質モチーフ化学グラフ構造データマイニングタンパク質構造分類タンパク質GFS

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In the present work, to describe 3D structural feature of a molecule, Geometrical Fragment Spectra (GFS) method has been proposed. Based on the GFS representation, structure similarity search was carried out for odorant molecules. As a result, the authors successfully found the molecules that have similar odor but quite different topological structure with a query molecule. We also tried to apply the method to structure similarity searching for proteins using a reduced representation of protein structures. The results show that the present approach is quite useful for 3D structural data mining for proteins.
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会议论文
SCOPドメインパターンに基づくタンパク質四次構造の自動分類に関する研究
基于SCOP结构域模式的蛋白质四级结构自动分类研究
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [小川裕行, 加藤博明]
通讯作者： 加藤博明
Three-dimensional structural data mining based on Geometrical Fragment Spectra
基于几何碎片谱的三维结构数据挖掘
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [Hiroaki Kato, Shigeru Yoshida, Yoshimasa Takahashi]
通讯作者： Yoshimasa Takahashi
重心からの距離情報に基づく分子の三次元構造特徴解析
基于重心距离信息的分子三维结构特征分析
DOI： --
发表时间： 2009
期刊：
影响因子： --
作者： [中谷光裕, 加藤博明]
通讯作者： 加藤博明
Structural feature analysis of transmembrane helices in human olfactory receptors
人类嗅觉受体跨膜螺旋的结构特征分析
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [Yuuji Kouga, Hiroaki Kato]
通讯作者： Hiroaki Kato
共 10 条
    Recognition of pathogen-derived sphingolipid in plants.
    • 批准号：
      20K15528
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
    • 资助金额：
      $2.66万
    • 财政年份：
      2020
    • 负责人：
      KATO Hiroaki
    • 依托单位：
      Kyoto University
    Structural basis for discrimination between multi-drug exporters and lipid floppies
    • 批准号：
      19K22495
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • 资助金额：
      $4.16万
    • 财政年份：
      2019
    • 负责人：
      KATO Hiroaki
    • 依托单位：
      Kyoto University
    Structural basis for optimization of molecular probe using P-glycoprotein in vivo imaging
    • 批准号：
      24659018
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.41万
    • 财政年份：
      2012
    • 负责人：
      KATO Hiroaki
    • 依托单位：
      Kyoto University
    Protein structural data mining based on the Neighborhood Fragment Spectra representation
    • 批准号：
      22500130
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $2.33万
    • 财政年份：
      2010
    • 负责人：
      KATO Hiroaki
    • 依托单位：
      Toyohashi University of Technology
    海外基金