疾患関連タンパク質における機能決定アミノ酸残基の予測

预测疾病相关蛋白质中决定功能的氨基酸残基

• 批准号: 11F01210
• 负责人: 水口 賢司
• 金额: $ 0.51万
• 依托单位: 独立行政法人医薬基盤研究所
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11F01210/
• 关键词: バイオインフォマティクス; タンパク質ファミリー; タンパク質構造; 予測; アミノ酸残基; タンパク質機能; 自然免疫; 進化; アライメント; アミノ酸保存度

本研究では、バイオインフォマティクス手法を用いて、タンパク質中で機能発現に重要な役割を果たすアミノ酸残基(以下、「機能部位」と呼ぶ)とその役割を同定することを目指している。前年度は、タンパク質ドメインを機能分類したスーパーファミリーについての大規模データセットを構築した。本年度の研究実施計画として、1)このデータセットを用いた解析による、スーパーファミリー中でのアミノ酸配列および立体構造上の特徴と既知の機能部位との比較および、2)疾患関連タンパク質上の機能決定アミノ酸残基とその役割の解明、を掲げた。まず項目1については、今回の解析により、多くのタンパク質スーパーファミリー内で、立体構造上の多様な場所が機能部位として利用されていることを見いだした。これは、特定のタンパク質の立体構造については特定の場所にのみ機能部位が存在する、という一般に通用している概念に修正を促し、タンパク質機能部位の進化についての新たな知見を与えるものである。この結果は、前年度来の研究成果と合わせて、論文として発表した(Dessailly et al., 2013)。また、項目2については、核酸によって引き起こされる自然免疫に関わる重要なタンパク質であるSTINGに注目した解析を実行した。STINGタンパク質に、抗がん剤である5,6-ジメチルキサンテノン-4-酢酸(DMXAA)が直接作用を及ぼす可能性を検証するために、ドッキングと機能部位の解析を行なった。この結果は、共同研究者による一連の実験結果を解釈し、DMXAAによるシグナル伝達に関する新たな仮説を生み出すことに貢献した(Tang et al., 2013)。

In this study, the machine is able to detect the acid residues (below, "functional parts") of important products by using the machine in the middle of the study. In the previous year, there was an increase in the number of machinery in the previous year, and the machinery was classified into different categories. In this year's research program, 1) the equipment is used to analyze the mechanical properties of the equipment, the equipment is used to analyze the mechanical properties of the equipment, and the equipment is used to analyze the known mechanical properties of the machine. 2) the machine can determine the acid residue of the machine, and the machine can determine the performance of the machine. Project 1 is in operation, this time, it is necessary to make use of the mechanical energy parts of the multi-market system to make use of the mechanical parts of the multi-market. There is a gap in the mechanical parts of the machinery used in the specific equipment, the concept of the general concept is revised, the mechanical parts are improved, the new knowledge is improved, and the mechanical parts are modified. The results of the study, the results of the research in the previous year, and the table of the research results in the previous year (Dessailly et al., 2013). Item 2, item 2, nucleic acid, nucleic acid, natural immunity, natural immunity, STING, nucleic acid, nucleic acid, DNA, nucleic acid, nucleic acid, The direct action and the possibility of direct action of STING and anti-sulfuric acid (DMXAA) were analyzed by the analysis of the position of the machine. The results of the study, the results of the co-researchers, the results of the DMXAA study, the results of the study, the results of the results, the results of the co-researchers, the results of the study, the results of the co-researchers, the results of the study, the results of the co-researchers, the results of the study, the results of the study, the results of the co-researchers, the results of the study, the results of the co-researchers, the results of the study, the results of the co-researchers, the results of the study, the results of the co-researchers

项目成果

Functional site plasticity in domain superfamilies.

• DOI: 10.1016/j.bbapap.2013.02.042
• 发表时间: 2013-05
• 期刊: Biochimica et biophysica acta
• 作者: Dessailly BH;Dawson NL;Mizuguchi K;Orengo CA
• 通讯作者: Orengo CA