Yipタンパク質ファミリーの結晶構造解析

Yip蛋白家族的晶体结构分析

• 批准号: 19036005
• 负责人: 深井 周也
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19036005/
• 关键词: X線結晶構造解析; 膜タンパク質; 低分子量GTPase; 小胞輸送; 膜融合; 分子間相互作用

Yipファミリーは、RabからGDP解離阻害因子を解離させて脂質修飾部位を露出させ、Rabを膜に固定させる働きを担う。本研究ではYipファミリーによるRabの脂質膜への固定メカニズムを原子分解能レベルで解明することを目的としてYipタンパク質の結晶構造を決定することを目指した。出芽酵母由来の6種類のYipタンパク質のうち、イントロンを含むYip3p以外について遺伝子をクローニングした。Yip2pは報告されている配列と5'端の配列が異なっており、ORFが明確でなかったため発現の候補から除外し、最終的にYiplp, Yip4p, Yip5p, Yiflp遺伝子をPiohia pastorisの発現ベクターであるpPICZおよびpPIczαに組み込んだ。DTTとLi_2SO_4で細胞を処理することにより形質転換効率を上げ、Yiplpについて、2g/LのZeocin存在下で生育することが可能な形質転換体を得た。17の形質転換体に対してメタノール添加による発現誘導を行い、膜画分を調製してC末端に付加したHis_6タグに対する抗体をもちいたウエスタンブロッティングによる発現の確認を行ったが、発現を確認することはできなかった。そこで、GFP融合タンパク質をつかった発現を試みたところ、N末端にGFPを付加したコンストラクトで膜画分への発現をGFPの蛍光により確認することができた。一方、膜タンパク質の結晶構造解析法の開発という観点から、原核生物由来の膜透過装置の結晶構造決定を行なった。SecYE(G)複合体は膜透過のためのチャネルであり、ATPaseであるSecAが膜透過装置を駆動させてタンパク質を細胞質からペリプラズムへと輸送する。高度好熱菌由来のSecYEとその特異的抗体のFab断片との複合体の結晶構造を3.2A分解能で決定した。

Yip, Rab, Dissociation of GDP Inhibitor, Dissociation of Lipid Modifier, Immobilization of Rab, Immobilization of Lipid Modifier This study is aimed at determining the crystal structure of the lipid membrane of the Yip Rab. The origin of budding yeast is 6 species, including Yip 3p, Yip 3p. Yip 2p is reported to be in the middle of the array and 5'end of the array is different, ORF is clear, except for the candidate, the final Yiplp, Yip4p, Yip 5p, Yiflp, Piohia pastoris, Piohia pastoris. DTT and Li_2SO_4 can be used to treat cells. The rate of cell transformation can be improved. Yiplp can be used to treat cells. In the presence of 2g/L Zeocin, the rate of cell transformation can be improved. 17. The quality of the antibody is determined by the addition of the protein to the protein. The GFP fusion protein was detected by PCR, and the GFP fusion protein was detected by PCR. A method for determining the crystal structure of a membrane permeation device from a prokaryotic organism SecYE(G) complex membrane permeability, ATPase, SecA membrane permeability device, membrane permeability device, membrane permeability device, The crystal structure of Fab fragments and complexes of highly pathogenic bacteria is determined by the 3.2A decomposition energy.

项目成果

Structural basis for specific cleavage of Lys 63-linked polyubiquitin chains

• DOI: 10.1038/nature07254
• 发表时间: 2008-09-18
• 期刊: NATURE
• 影响因子: 64.8
• 作者: Sato, Yusuke;Yoshikawa, Azusa;Fukai, Shuya
• 通讯作者: Fukai, Shuya

Crystal structure of the MgtE Mg2+ transporter

• DOI: 10.1038/nature06093
• 发表时间: 2007-08-30
• 期刊: NATURE
• 影响因子: 64.8
• 作者: Hattori, Motoyuki;Tanaka, Yoshiki;Nureki, Osamu
• 通讯作者: Nureki, Osamu

AMSHファミリーによるK63結合型ポリユビキチン鎖特異的な切断活性機構の構造的基盤

AMSH家族K63连接的多聚泛素链特异性切割活性机制的结构基础

• 发表时间: 2008
• 作者: Sato;Y.;Fukai;S.;Nureki;O.;佐藤裕介
• 通讯作者: 佐藤裕介

Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the cytosolic domain of the Mg2+ transporter MgtE.

• DOI: 10.1107/s1744309107032344
• 发表时间: 2007-08
• 期刊: Acta crystallographica. Section F, Structural biology and crystallization communications
• 作者: Yoshiki Tanaka;M. Hattori;S. Fukai;Ryuichiro Ishitania;O. Nureki

Structural basis of selective cleavage of Lys63-linked polyubiquitin chains by JAMM ubiquitin isopeptidase

JAMM 泛素异肽酶选择性裂解 Lys63 连接的多聚泛素链的结构基础

• 发表时间: 2008
• 作者: Sato;Y.;Fukai;S.;Nureki;O.;佐藤裕介;深井 周也
• 通讯作者: 深井 周也