自閉症患者リンパ芽球細胞のトランスクリプトーム解析

自闭症患者淋巴母细胞的转录组分析

• 批准号: 24710224
• 负责人: VOINEAGU Irina
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-24710224/
• 关键词: autism; biomarkers; gene expression

本プロジェクトでは自閉症スペクトラム障害(ASD)で転写的調節不全を起こしている、バイオマーカーとなりうる遺伝子を同定するため、ASD患者から単離したリンパ芽球細胞と対照群のサンプルのトランスクリプトーム解析を提案。我々は既にASDの脳内で調節不全を起こす遺伝子を同定しており(Voineagu et al 2011)、本分析はその結果を活用するように設計した。これに従い2つの具体的目標を設定:目標1:自閉症リンパ芽球トランスクリプトームの性質決定 目標2:リンパ芽球細胞株内で自閉症と相関する遺伝子発現の変化を同定私が別の研究所に移る関係で研究期間が2年からわずか数カ月に短縮され、この短い期間内に自閉症患者のリンパ芽球細胞株を入手するのは不可能になった。そのため正常なリンパ芽球細胞株と正常な脳組織の遺伝子発現を比較してバイオマーカーになりうる有意性を持つ、自閉庄と関連した遺伝子発現の変化の課題に取り組むことにした。ASDの脳内で調節不全を起こす遺伝子は対照群と比較し、既に同定してあるため、今回は既にASDの脳内で調節不全を起こすと確認されている遺伝子のうちどの遺伝子が未梢組織(リンパ芽球細胞株)内にあるか確認するため正常なリンパ芽球細胞株と正常な脳組織を分析した2つのトランスクリプトーム解析法(CAGE法、RNAシークエンシング)を用い、各サンプルを分析した。このため市販の正常なリンパ芽球細胞株と正常な脳組織から全RNAを抽出しCAGEライブラリーとRNAシークエンシング・ライブラリーを作製(Illumina Undrectinal TruSeqprotocol)、これらを高いシークエンス深度(各サンプル推定6000万-8000万リード)でシークエンスした。分析したサンプルと品質管理法は以下のとおり。・リンパ芽球細胞株61歳女性(AICCより入手)・リンパ芽球細胞株48歳女性(AICCより入手)・脳前頭葉27歳男性(Biochainより入手)・脳側頭葉27歳男性(Biochainより入手)・脳後頭葉41歳男性(Biochainより入手)・脳小脳29歳男性(Biochainより入手)・ヒト神経細胞(Science Cell Onlineより入手)・ヒト星状細胞(Science Cell Onlineより入手)サンプル名 濃度(mg/ml) RINLCL_2339 31533 8.5LCL_2341 243.78 8.9前頭葉 219 6.9側頭葉 258.71 7.2後頭葉 8425 6.8小脳 222.14 7.3神経細胞 180.43 4.4星状細胞 1172 9.8RIN(RNA Integrity Number)はアジレント・バイオアナライザで測定、濃度はナノドロップで測定した。上記のサンプルはCAGEライブラリー(プロモーター分析用)とRNAシークエンシング・ライブラリー(発現定量化およびスプライシング分析用)の作製に使用。4つのCAGEライブラリーはペアエンドの50塩基対配列標識を得るため、バーコードを付け、プールし、HiSeq2000シークエンサーの1レーンを用いて配列を解読したRNAシークエンシング・ライブラリーは、ペアエンドの50塩基対配列標識を得るため、4つのサンプルにバーコードを付けプールしHiSeq2000シークエンサーで配列を解読した。

This プロジェクトではautism disorder (ASD) is The writing is not fully adjusted.伝子を同定するため、ASD patients から単利したリンパblastoma cells and と対毾群のサンプルのトランスクリプトームanalysisを proposal. This analysis is based on the results of this analysis based on the results of the ASD's internal regulation and the design of the system.これに従い2つのSpecific goal setting: Goal 1: Autism リンパbud ball トランスクリプトームのdetermination of nature Goal 2: Research period on the relationship between autism and autism in the Rinoblastoma cell line The number of years and months is shortened, and the number of months is shortened, and the number of months is shortened, and the autistic patient's germ cell strain is used to start the disease. Comparison of normal germ cell lines and normal germ cell lines of normal germ tissueなりうるIntentional natureをholdつ、autistic Zhuangとrelatednessした缝子発appearsの変化のprojectにtakingり集团むことにした. ASD's internal regulation is incomplete, it's a comparison, it's a comparison, it's the same as it is, and this time it's a Insufficient regulation of SD's inner body is confirmed by the root of the root tissue (リンパ bud ball) Cell line) Confirmation of the normal budding ball cell line and the analysis of the normal budding tissue within the cell line 2 つのトランCAGE analysis method (CAGE method, RNA CAGE method) is used, and each CAGE analysis method is used. Commercially available normal bud cell line and normal bud tissue, complete RNA extraction, CAG Produced by Eradicator RNA Seeds (Illumina Undrectinal TruSeqprotocol), これらを高いシークエンスdepth (each サンプル is estimated to be 60 million-80 million リード) でシークエンスした. Analysis of the quality management method and the following procedures.・Rinna Germ Cell Strain, 61-year-old female (purchased by AICC)・Rinna Germ Cell Line, 48-year-old female (purchased by AICC), 27-year-old man with anterior cephalic lobe (purchased by Biochain), 27-year-old lateral cephalic lobe A 41-year-old male (bought from Biochain)・A 41-year-old male (bought from Biochain)・A 29-year-old male (bought from Biochain)・ヒト神経cells (Science Cell Onlineより started)・ヒトStellate Cell(Science Cell Onlineより started)サンプル名 Concentration (mg/ml) RINLCL_2339 31533 8.5LCL_2341 243.78 8.9 Anterior cephalic lobe 219 6.9 Lateral cephalic lobe 258.71 7.2 Posterior cephalic lobe 8425 6.8 Xiaomi 222.14 7.3 God's cells 180.43 4.4 Stellate cells 1172 9.8 RIN (RNA Integrity Number) measurement, concentration measurement, and concentration measurement. The above mentioned CAGE ライブラリー (for analysis of プロモーター) and RNA シークエThis product is produced and used by the ンシング・ライブラリー(発市quantitative およびスプライシングanalysis). 4つのCAGEライブラリーはペアエンドの50婩対配array markを得るため、バーコードをPay け, プールし, HiSeq2000 シークエンサーの1レーンを use いて array をsolved 読したRN Aシークエンシング・ライブラリーは、ペアエンドの50塩base対array markを得るため、4つのサンプルにバーコードをFU けプールしHiSeq2000 シークエンサーで配线を解読した.