Database Integration for Multi-scale Simulation

多尺度仿真的数据库集成

• 批准号: 20800025
• 负责人: KIDO Yoshiyuki
• 金额: $ 1.44万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20800025/
• 关键词: マルチスケールシミュレーション; フィジオーム; オントロジー; データベース統合; 統合データベース

Multi-scale simulation is mainly aimed at integrating scientific knowledge through computational methods and across different physiological levels ; ranging from molecular level, genomic level, cellular level, organ level up to human body part level. In this study, we aim to integrate among some databases using ontologies such as Gene Ontology, MeSH Term and other related ontologies.

多尺度模拟主要旨在通过计算方法和不同的生理水平整合科学知识。从分子水平，基因组水平，细胞水平，器官水平到人体部分水平。在这项研究中，我们旨在使用基因本体论，网格术语和其他相关本体等本体论进行整合。

项目成果

A Method for Making a New Reference Set of PDB Entriesfor Retrieving Protein 3D Structures with Structural Annotations

一种制作新的 PDB 条目参考集的方法，用于检索带有结构注释的蛋白质 3D 结构

• 发表时间: 2008
• 作者: 江口萌;松吉俊;佐尾ちとせ;乾健太郎;松本裕治;Masahiko Hamada
• 通讯作者: Masahiko Hamada

Discovery of relation between modeling data using in-silico modeling ontology and meta-ontology

使用计算机建模本体和元本体发现建模数据之间的关系

• 发表时间: 2009
• 作者: Yoshiyuki Asai;Yoshiyuki Kido;et. al.;Yoshiyuki Kido
• 通讯作者: Yoshiyuki Kido

A Method for Reducing Bounds of Compound Search by Dividing Structure Key

一种通过划分结构键减少化合物搜索范围的方法

• 发表时间: 2008
• 作者: Takashi Shimizu;Yoshiyuki Kido;et. al.
• 通讯作者: et. al.

マルチスケールシミュレーションのためのWebサービスとデータ探索に関する研究

多尺度仿真的网络服务和数据探索研究

• 发表时间: 2010
• 作者: 松吉俊;江口萌;佐尾ちとせ;村上浩司;乾健太郎;松本裕治;木戸善之
• 通讯作者: 木戸善之

A Method for Efficient Execution of Bioinformatics Workflows

一种高效执行生物信息学工作流程的方法

• 发表时间: 2009
• 作者: Shunsuke Kurosawa;et al.;Junya Seo
• 通讯作者: Junya Seo