ゲノムの多様性と環境との相互作用の解析

基因组多样性与环境相互作用分析

• 批准号: 20810039
• 负责人: 奥田 修二郎
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Ritsumeikan University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20810039/
• 关键词: メタゲノム; 環境

自然環境中には、未だゲノム配列の決まっていない生物種も含めて極めて多くの生物が、相互に影響を及ぼしながら棲息している。これまでのように単一生物種のゲノム配列決定だけでは、そういった生物間相互作用、あるいは生物と環境との相互作用を観察することは難しかった。しかしながら、近年、メタゲノム解析手法の発展とともに、ある環境サンプル中の生物が持つゲノム配列を網羅的に決めることができるようになった。この技術により、生物と環境との関係への理解が飛躍的に進むものと期待されている。本課題の目的としては、メタゲノム配列を利用して、環境の違いが、環境ゲノムの機能とどのような関係にあるのかを明らかにすることである。これまでに、論文として発表されているメタゲノムデータを収集し、データフォーマットの統一化を行った。これらのデータから、京都大学化学研究所にて提供されるKEGGデータベース内にある自動アノテーションツールKAASによって、システマティックにアノテーションを得ることが出来る。現在、このツールを利用して、メタゲノム配列の機能アノテーションを行っている。これによって、メタゲノム配列中の遺伝子に対して、KEGGデータベースで利用される遺伝子オーソロジー(KO)に基づいた、階層的な機能の分類を行うことが出来る。そのために必要とされる一連のプロセスを、可能な限りプログラムによって自動化できるようシステム構築を行っている。

Natural environment に は, not だ ゲ ノ ム match column の definitely ま っ て い な い biological species も including め て extremely め て more く の が, を and influence each other に ぼ し な が ら perched し て い る. こ れ ま で の よ う に 単 life species の ゲ ノ ム match column decided だ け で は, そ う い っ た biological interactions between, あ る い は biological と environment と の interaction を 観 examine す る こ と は difficult し か っ た. し か し な が ら, in recent years, メ タ ゲ ノ ム parsing technique の 発 exhibition と と も に, あ る environment サ ン プ ル つ の biological が in ゲ ノ ム match column を snare に definitely め る こ と が で き る よ う に な っ た. こ の technology に よ り, biological と environment と の masato is へ の understand the に が leap into む も の と expect さ れ て い る. This topic の purpose と し て は, メ タ ゲ ノ ム match column を using し て, environmental の violations い が, environmental ゲ ノ ム の function と ど の よ う な masato is に あ る の か を Ming ら か に す る こ と で あ る. こ れ ま で に, paper と し て 発 table さ れ て い る メ タ ゲ ノ ム デ ー タ を 収 し, デ ー タ フ ォ ー マ ッ ト の unification を line っ た. こ れ ら の デ ー タ か ら chemical research institute, Kyoto university に て provide さ れ る KEGG デ ー タ ベ ー ス within に あ る automatic ア ノ テ ー シ ョ ン ツ ー ル KAAS に よ っ て, シ ス テ マ テ ィ ッ ク に ア ノ テ ー シ ョ ン を have る こ と が る. Now, the <s:1> <s:1> <s:1> を を を を utilizes the て and メタゲノム configuration <s:1> function to アノテ ショ ショ を を を を rows って る る る. こ れ に よ っ て, メ タ ゲ ノ ム match column の posthumous son 伝 に し seaborne て, KEGG デ ー タ ベ ー ス で using さ れ る posthumous son 伝 オ ー ソ ロ ジ ー (KO) に づ い た line, the classification of the strata な function の を う こ と が る. そ の た め に necessary と さ れ る for の プ ロ セ ス を, may な limit り プ ロ グ ラ ム に よ っ て automation で き る よ う シ ス テ ム line build を っ て い る.