Systems evolutionary analysis on Hox transcription networks in the early embryonic development

胚胎发育早期Hox转录网络的系统进化分析

• 批准号: 20700266
• 负责人: OGISHIMA Soichi
• 金额: $ 2.25万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20700266/
• 关键词: システム生物; システム進化; 初期胚発生; Hox; 生命情報学

We identified Hox transcriptional networks which have key roles in regulating the patterning of the antero-posterior axis at phylotypic stage in a metazoan embryo. We conducted bioinformatics methods including promoter analysis on Hox regulating genes in each evolutionary stage and anatomical structure which were retrieved from public gene expression database. We then compared Hox transcriptional networks among mouse, sea squirt, and fruit fly.

我们确定了Hox转录网络，它在调节后生动物胚胎中异型阶段前后轴的模式中起关键作用。利用生物信息学的方法，从公开的基因表达数据库中检索到Hox调控基因在各个进化阶段的启动子序列和解剖结构。然后，我们比较了小鼠，海鞘，果蝇之间的Hox转录网络。

项目成果

酵母タンパク質問相互作用ネットワークにおける機能モジュールの進化的拘束

酵母蛋白质相互作用网络中功能模块的进化限制

• 发表时间: 2009
• 作者: 菊地正隆;荻島創一;新村芳人;田中博
• 通讯作者: 田中博

Systems evolutionary analysis on the putative Hox transcriptional networks.

假定的 Hox 转录网络的系统进化分析。

• 发表时间: 2009
• 作者: Ogishima S;Tanaka H
• 通讯作者: Tanaka H

BioCichlid: central dogma-based 3D visualization system of time-course microarray data on a hierarchical biological network

• DOI: 10.1093/bioinformatics/btp008
• 发表时间: 2009-02-15
• 期刊: BIOINFORMATICS
• 影响因子: 5.8
• 作者: Ishiwata, Ryosuke R.;Morioka, Masaki S.;Tanaka, Hiroshi
• 通讯作者: Tanaka, Hiroshi

オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

通过开源学习生物信息学

• 发表时间: 2008
• 作者: H. Yoshikawa;S. Nakanishi;S. Shoji;and S. Kawata;松田善臣;松田善臣;松田善臣;松田善臣;Yukino Ogawa;Kazuharu Arakawa;Kazuharu Arakawa;荒川 和晴;Kazuharu Arakawa;Kazuharu Arakawa;荒川 和晴;荒川 和晴;Kazuharu Arakawa;Kazuharu Arakawa;Kazuharu Arakawa;Kazuharu Arakawa;オープンバイオ研究会(編)
• 通讯作者: オープンバイオ研究会(編)

マイクロアレイデータ統計解析プロトコール

微阵列数据统计分析方案

• 发表时间: 2008
• 作者: Natsume Y;Ito S;Satsu H;Kadota K;Ohsawa K;Shimizu M.;門田幸二;門田幸二;門田幸二
• 通讯作者: 門田幸二